Mountainsort4 errors when running on example recording, windows 11
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
Hướng nghiên cứu
Start by reviewing the attached spikeinterface_log.json and the reported old_api_utils code path for the location property, then run the provided toy_example with Mountainsort4 to reproduce the error. Done means the example runs successfully with Mountainsort4; the issue does not identify a specific file to change or establish the cause.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Hi all,
First, thanks for the amazing work with spikeinterface. I'm looking into it again after a few years and the progress since then is really impressive!! This is really much appreciated.
My current problem is with running Mountainsort 4 via spike interface, either on my own data or on the dummy data created in this page.
(code for the dummy recording:
this_rec, _ = se.toy_example( duration=30, seed=0, num_channels=64, num_segments=1
)
I'm getting an error during the running of Mountainsort 4 which probably has a really easy fix, but I'm not sure how to find out what it is:
v = values[ind[0]]
TypeError: 'NoneType' object is not subscriptable
Attaching the spikeinterface_log.json file:
spikeinterface_log.json
I get the same error whether I run it after installing it, or with the "Docker".
Looking more into it the error seems to relate to this code in 'old_api_utils' when 'property' = location,
but I'm not sure how to fix that:
Any suggestions? thanks a lot in advance!
--- minimal code example that recreates the problem ---
import spikeinterface.sorters as ss
import spikeinterface.extractors as se
sorter_name = 'mountainsort4' # note that if you use mountainsort5 here, it works
use_docker = False
overwrite_sorting = True
test_sort_folder = r"./temp"
this_rec, _ = se.toy_example(
duration=30,
seed=0,
num_channels=64,
num_segments=1
)
print('Running sorter ' + sorter_name)
test_sorting = ss.run_sorter(sorter_name=sorter_name,
recording=this_rec, verbose = True,
folder= test_sort_folder,
docker_image= use_docker, remove_existing_folder=overwrite_sorting)
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 858
- Fork
- 281
- Merge trung bình
- 3 ngày 18 giờ
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 45
Chuẩn bị môi trường
Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của SpikeInterface/spikeinterface
-
testing
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 68/100
SpikeInterface/spikeinterface#4756 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
enhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
SpikeInterface/spikeinterface#4510 · 2 bình luận ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Implement filtering by banks of channels to reduce RAMCó thể đã có người làm @h-mayorquin đã nhận hôm nay. Đang mởpreprocessing
SpikeInterface/spikeinterface#4837 · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Extend `TimeSeriesExecutor` to `num_chunks_per_job`Có thể đã có người làm @samuelgarcia đã nhận 1 ngày trước. Đang mởconcurrency
SpikeInterface/spikeinterface#4831 · 1 bình luận · 1 người được giao ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
enhancement motion correction
Độ khó 3/5 Nửa ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
SpikeInterface/spikeinterface#4829 · 2 bình luận · 1 reaction ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
Tất cả issue của SpikeInterface/spikeinterface
Issue tương tự
-
Link Checker ReportĐang mởautomated issue report
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
RapidAI/RapidOCRDocs#119 ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 85/100
btclib-org/btclib-node#1833 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
IRIS reader: no-data velocity bins (DB_VEL, DB_VELC) returned as 0.0 m/s instead of NaNCó thể đã có người làm @syedhamidali đã nhận hôm nay. Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 72/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 2 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 80/100
elodin-sys/elodin#890 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày