Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Deprecation warnings with pandas 3.1 (`inplace`, `read_csv(float_precision=...)`)

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#570 0 bình luận 0 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

@dweindl đang làm issue này rồi.

Từ ngày 22/10/2026.

  • #571 của @dweindl — đang mở

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

pandas 3.1.0 deprecates the inplace keyword of drop, rename, reset_index, set_index, sort_index, sort_values and others (PDEP-8), and the float_precision argument of read_csv. Both emit Pandas4Warning (a DeprecationWarning subclass) and will stop working in pandas 4.

petab uses both when loading any PEtab table, so every Problem.from_yaml warns. Downstream test suites that turn warnings into errors fail (e.g., AMICI, see AMICI-dev/AMICI#3440).

Affected places on main (68be6d1):

  • read_csv(..., float_precision="round_trip"): v1/conditions.py, v1/core.py (2×), v1/mapping.py, v1/measurements.py, v1/observables.py, v1/parameters.py, v2/conditions.py, v2/experiments.py
  • reset_index(inplace=True) / set_index(..., inplace=True): v1/conditions.py, v1/mapping.py, v1/observables.py, v1/parameters.py (incl. l. 243), v1/simplify.py
  • sort_index(inplace=True): v1/visualize/plotting.py (2×)
  • rename(..., inplace=True) / drop(..., inplace=True): v2/petab1to2.py (5×)

(fillna(..., inplace=True) in v1/visualize/lint.py and v2/petab1to2.py is not affected.)

The inplace uses can be replaced by re-assignments. For float_precision, pandas 3.1 uses the same (improved) converter for all precision modes (pandas#64395), but older pandas versions don't parse round-trip by default. So the argument should probably only be passed for pandas < 3.1.

🤖 Generated with Claude Code

Ngôn ngữ chính
Python
Star
18
Fork
9
Merge trung bình
1 ngày 8 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
21

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của PEtab-dev/libpetab-python

Tất cả issue của PEtab-dev/libpetab-python

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.