Deprecation warnings with pandas 3.1 (`inplace`, `read_csv(float_precision=...)`)
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Evaluación
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Descripción
pandas 3.1.0 deprecates the inplace keyword of drop, rename, reset_index, set_index, sort_index, sort_values and others (PDEP-8), and the float_precision argument of read_csv. Both emit Pandas4Warning (a DeprecationWarning subclass) and will stop working in pandas 4.
petab uses both when loading any PEtab table, so every Problem.from_yaml warns. Downstream test suites that turn warnings into errors fail (e.g., AMICI, see AMICI-dev/AMICI#3440).
Affected places on main (68be6d1):
read_csv(..., float_precision="round_trip"):v1/conditions.py,v1/core.py(2×),v1/mapping.py,v1/measurements.py,v1/observables.py,v1/parameters.py,v2/conditions.py,v2/experiments.pyreset_index(inplace=True)/set_index(..., inplace=True):v1/conditions.py,v1/mapping.py,v1/observables.py,v1/parameters.py(incl. l. 243),v1/simplify.pysort_index(inplace=True):v1/visualize/plotting.py(2×)rename(..., inplace=True)/drop(..., inplace=True):v2/petab1to2.py(5×)
(fillna(..., inplace=True) in v1/visualize/lint.py and v2/petab1to2.py is not affected.)
The inplace uses can be replaced by re-assignments. For float_precision, pandas 3.1 uses the same (improved) converter for all precision modes (pandas#64395), but older pandas versions don't parse round-trip by default. So the argument should probably only be passed for pandas < 3.1.
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