Multiple Death Records Due to Death_type or Cause - Version 5.4

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#758 6 bình luận 1 reaction 1 người được giao Xem trên GitHub

@RogerJCarlson đang làm issue này rồi.

Từ ngày 6/9/2023.

Đánh giá

Issue này chưa được đánh giá.

Mô tả

Issue Name: Multiple Death Records Due to Death_type_concept or Cause_concept Version 5.4

Issue Type: Duplicate records caused by multiple standard concept_ids for death cause or death type (provenance)

Description: http://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm54.html#DEATH
The table description for the Death table has the following: "A person can have up to one record if the source system contains evidence about the Death". However, an ICD diagnosis code may map to multiple SNOMED codes:

ICD10: J96.21 (Acute on chronic respiratory failure with hypoxia (HCC))
maps to
SNOMED: 389086002 (Hypoxia) and 67905004 (Acute-on-chronic respiratory failure)
This results in two records with the same death date.

Similarly, a person may have death records from multiple systems (provenance), i.e. EHR and death registry.

Suggested Solution: For OMOP version 5.4, allow multiple records in the Death table caused by either the death_type_concept_id and/or cause_concept_id. However the Death_Date(s) must match.

Possible Implications:

  • CDM documentation will need to be modified.
  • The rules of the DQD (Data Quality Dashboard) will have to be adjusted to match.
  • Others?

Related forum post: https://forums.ohdsi.org/t/multiple-death-records-due-to-snomed-mapping/19517

Reported By: Roger Carlson

Ngôn ngữ chính
HTML
Star
1.1k
Fork
513
Merge trung bình
8 ngày 3 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
4

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của OHDSI/CommonDataModel

Tất cả issue của OHDSI/CommonDataModel

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.