Observation and Fix: Sqlalchemy 2.0 Compatibility - Downgrade to Sqlalchemy 1.x
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 3/5
- Thời gian dự kiến
- 1-2 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng cách tái hiện lỗi runtime của bản cài đặt Miniforge với SQLAlchemy 2.0, sau đó xác định nơi sử dụng API Engine.execute() đã bị loại bỏ. Xác nhận rằng ứng dụng hoạt động với SQLAlchemy 2.0 mà không yêu cầu downgrade; issue không nêu các tệp hoặc bài kiểm thử cụ thể.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Just for information and to help other users of Biophi:
I installed Biophi using miniforge by following instructions provided on the project's github page.
However there was a runtime error:
AttributeError: 'Engine' object has no attribute 'execute'
I could track the issue down to a change in Sqlalchemy 2.0. Downgrading to Sqlalchemy via conda did the trick:
https://docs.sqlalchemy.org/en/14/changelog/migration_20.html
It is about engine.execute() which was deprecated in 1.4 and removed in 2.0.
$ conda install "sqlalchemy<2.0"
That installed sqlalchemy-1.4.46.
Kind regards and many thanks for providing Biophi, a great application!
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 269
- Fork
- 65
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Chuẩn bị môi trường
- Có Dockerfile hoặc tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Không có hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Merck/BioPhi
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 15/100
-
Tasks are waiting in queue...Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 57/100
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 48/100
-
bootstrap加载优化Đang mở
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 35/100
Issue tương tự
-
bug
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 74/100
igormcsouza/tether#278 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 91/100
aws-samples/sample-per-model-bedrock#803 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
documentation p1
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
huggingface/accelerate#4511 ·
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
follow-up
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày