Can't read panda hdf file

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#67 1 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
Nửa ngày
Mức phù hợp với người mới
64/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
backend

Hướng nghiên cứu

Start by reading HdfMap._store_dataset and its call path in hdfmap_class.py, especially the group lookup shown in the traceback. Reproduce the failure with the provided hdfmap.create_hdf_map(f_hdf) example and inspect how the root-level dataset path is handled. Done means the Panda HDF file loads without the KeyError; add or update a regression test for that case.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Tried reading a h5 file from P51 written by BlueSky but got an error.

import hdfmap

f_nxs = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/3336.nxs"
f_hdf = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/p51-3336-panda1.h5"

m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
print(m)

Gives error

Traceback (most recent call last):
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/examples/check_p51-3336-panda_file.py", line 15, in <module>
    m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/file_functions.py", line 40, in create_hdf_map
    hdf_map = HdfMap(hdf)
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 137, in __init__
    self.populate(file)
    ~~~~~~~~~~~~~^^^^^^
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 451, in populate
    self._populate(hdf_file)
    ~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 343, in _populate
    self._store_dataset(obj, hdf_path, name, external_file)
    ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
  File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 275, in _store_dataset
    group = self.groups[SEP.join(hdf_path.split(SEP)[:-1])]  # group is already stored
            ~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
KeyError: ''
Ngôn ngữ chính
Python
Star
2
Fork
0
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của DiamondLightSource/hdfmap

Tất cả issue của DiamondLightSource/hdfmap

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.