Can't read panda hdf file
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Evaluación
- Dificultad
- 3/5
- Tiempo estimado
- Medio día
- Aptitud para principiantes
- 64/100
Línea de trabajo
Start by reading HdfMap._store_dataset and its call path in hdfmap_class.py, especially the group lookup shown in the traceback. Reproduce the failure with the provided hdfmap.create_hdf_map(f_hdf) example and inspect how the root-level dataset path is handled. Done means the Panda HDF file loads without the KeyError; add or update a regression test for that case.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Tried reading a h5 file from P51 written by BlueSky but got an error.
import hdfmap
f_nxs = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/3336.nxs"
f_hdf = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/p51-3336-panda1.h5"
m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
print(m)
Gives error
Traceback (most recent call last):
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/examples/check_p51-3336-panda_file.py", line 15, in <module>
m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/file_functions.py", line 40, in create_hdf_map
hdf_map = HdfMap(hdf)
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 137, in __init__
self.populate(file)
~~~~~~~~~~~~~^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 451, in populate
self._populate(hdf_file)
~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 343, in _populate
self._store_dataset(obj, hdf_path, name, external_file)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 275, in _store_dataset
group = self.groups[SEP.join(hdf_path.split(SEP)[:-1])] # group is already stored
~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
KeyError: ''
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 2
- Forks
- 0
- Métricas de merge de PR
- Sin PR fusionados en 30 d
Preparar el entorno
Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
Más de DiamondLightSource/hdfmap
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Can't read i22 processed fileAbierto
Dificultad 2/5 1-3 horas Aptitud para principiantes 65/100
DiamondLightSource/hdfmap#66 · 1 comentario ·
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