Can't read panda hdf file
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Start by reading HdfMap._store_dataset and its call path in hdfmap_class.py, especially the group lookup shown in the traceback. Reproduce the failure with the provided hdfmap.create_hdf_map(f_hdf) example and inspect how the root-level dataset path is handled. Done means the Panda HDF file loads without the KeyError; add or update a regression test for that case.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Tried reading a h5 file from P51 written by BlueSky but got an error.
import hdfmap
f_nxs = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/3336.nxs"
f_hdf = "/dls/p51/data/2026/cm44254-4/p51-3336-panda1.h5"
m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
print(m)
Gives error
Traceback (most recent call last):
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/examples/check_p51-3336-panda_file.py", line 15, in <module>
m = hdfmap.create_hdf_map(f_hdf)
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/file_functions.py", line 40, in create_hdf_map
hdf_map = HdfMap(hdf)
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 137, in __init__
self.populate(file)
~~~~~~~~~~~~~^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 451, in populate
self._populate(hdf_file)
~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 343, in _populate
self._store_dataset(obj, hdf_path, name, external_file)
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
File "/scratch/grp66007/python/mmg_toolbox/.venv/lib/python3.14/site-packages/hdfmap/hdfmap_class.py", line 275, in _store_dataset
group = self.groups[SEP.join(hdf_path.split(SEP)[:-1])] # group is already stored
~~~~~~~~~~~^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^
KeyError: ''
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 2
- Fork
- 0
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
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DiamondLightSource/hdfmap#66 · 1 commento ·
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