Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied during sampling with finetuned_replogle.ckpt

Đang mở
#4 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
3/5
Thời gian dự kiến
1-2 ngày
Mức phù hợp với người mới
68/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
python
Lĩnh vực
machine-learning

Hướng nghiên cứu

Bắt đầu bằng cách đọc các assertion về kích thước được hardcode trong sampling_generation_helpers.py quanh dòng 58 và sampling_generation.py quanh dòng 94, sau đó so sánh chúng với các kích thước của finetuned_replogle.ckpt và cấu hình sampling được cung cấp. Được xem là hoàn thành khi sampling chạy được với checkpoint và không có lỗi không khớp shape với 2000 gene.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hello! I'm trying to run the sampling script using the provided finetuned_replogle.ckpt.

It seems this checkpoint was trained on 12626 genes, but script defaults to a 2000-gene space, causing a shape mismatch error:
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied (128x4000 and 25252x512)

I tried changing the config to match 12626 genes:

data.pad_length=12626
model.hidden_num=[12626,512]
model.input_dim=12626
data.embed_key=X

However, the script still fails because 2000 is strictly hardcoded in several assert statements across the sampling codebase (e.g., sampling_generation_helpers.py line 58 and sampling_generation.py line 94).

How can I correctly run sampling for this finetuned checkpoint? Are there plans to make the gene dimension dynamic instead of hardcoded?

Thanks!

Ngôn ngữ chính
Python
Star
63
Fork
10
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Hướng dẫn đóng góp

Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của DeepGraphLearning/PerturbDiff

Tất cả issue của DeepGraphLearning/PerturbDiff

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.