Inference
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 45/100
- Loại issue
- Tính năng
- Độ rõ ràng
- Cần làm rõ
- Mức độ hoạt động
- Sôi nổi
- Công nghệ
- python
- Lĩnh vực
- bioinformatics, machine-learning
Hướng nghiên cứu
Bắt đầu bằng việc xác định mô hình được fine-tune trên Tahoe và bất kỳ inference entry point hiện có nào, sau đó kiểm tra cách các ma trận biểu hiện gene đối chứng và các perturbation của thuốc được biểu diễn. Xác định một notebook nhận ma trận đối chứng của người dùng, áp dụng mô hình và minh họa việc dự đoán ma trận biểu hiện của các tế bào bị perturbation.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Thanks for the work!
How can I use your model finetuned on tahoe for instance to predict the gene expression matrix of cells perturbed by a drug given my own gene expression matrix of control cells? That would a very useful notebook to have :).
Raf
- Ngôn ngữ chính
- Python
- Star
- 63
- Fork
- 10
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của DeepGraphLearning/PerturbDiff
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 45/100
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 38/100
DeepGraphLearning/PerturbDiff#7 · 1 bình luận ·
-
Question: Simulating gene knockout on novel datasets (zero-shot inference) & Implementation feedback Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 30/100
DeepGraphLearning/PerturbDiff#5 · 1 bình luận · 1 reaction ·
-
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied during sampling with finetuned_replogle.ckpt Đang mở
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 68/100
DeepGraphLearning/PerturbDiff#4 · 3 bình luận ·
Tất cả issue của DeepGraphLearning/PerturbDiff
Issue tương tự
-
enhancement
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 70/100
canonical/paas-charm#368 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
tech debt
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
addition to tracking list Đang mở
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
StevenBlack/hosts#3256 ·
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 90/100
qualcomm/qai-appbuilder#275 ·