RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied during sampling with finetuned_replogle.ckpt
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評估
- 難度
- 3/5
- 預估耗時
- 1-2 天
- 新手友好度
- 68/100
- Issue 類型
- 缺陷
- 描述清晰度
- 基本清楚
- 活躍度
- 活躍
- 技術堆疊
- python
研究方向
先閱讀 sampling_generation_helpers.py 約第 58 行和 sampling_generation.py 約第 94 行中硬編碼的維度斷言，然後將它們與 finetuned_replogle.ckpt 的維度及提供的 sampling 設定進行比較。完成的條件是使用該 checkpoint 可以執行 sampling，且不存在 2000 個基因的 shape mismatch。
由索引模型根據 Issue 內容生成。
描述
Hello! I'm trying to run the sampling script using the provided finetuned_replogle.ckpt.
It seems this checkpoint was trained on 12626 genes, but script defaults to a 2000-gene space, causing a shape mismatch error:
RuntimeError: mat1 and mat2 shapes cannot be multiplied (128x4000 and 25252x512)
I tried changing the config to match 12626 genes:
data.pad_length=12626
model.hidden_num=[12626,512]
model.input_dim=12626
data.embed_key=X
However, the script still fails because 2000 is strictly hardcoded in several assert statements across the sampling codebase (e.g., sampling_generation_helpers.py line 58 and sampling_generation.py line 94).
How can I correctly run sampling for this finetuned checkpoint? Are there plans to make the gene dimension dynamic instead of hardcoded?
Thanks!
- 主要語言
- Python
- 星號
- 64
- 分支
- 10
- PR 合併指標
- 30 天內沒有已合併 PR
環境準備
這個專案沒有提供開發容器、Dockerfile 或貢獻指南，環境需要你自己搭建：先看它的 README，通用步驟見我們的新手貢獻指南。
從這裡開始
- 先讀完整個 Issue，再讀專案的貢獻指南。
- 在 Issue 下留言說明你要接手 —— 這能避免兩個人做同樣的事。
- Fork 儲存庫，在一個分支上完成修改。
- 送出 Pull Request，並在描述裡引用這個 Issue 編號。
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