Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#139 0 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
25/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Cần làm rõ
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
build-system

Hướng nghiên cứu

No repository files or tests are named. Start by reproducing the BiocParallel installation on CentOS 7 with R 3.6.0 and inspect the shared-library loading error. Done means identifying the source of the missing getrandom symbol and verifying a resolution.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hello,

I was trying to install BiocParallel with BiocManager::install("BiocParallel") but got the following errors. I've also tried alternative versions of Rs installed but the problem remains the same. Could you help me to figure out the cause of this problem? Thanks in advance.

Error message:

...
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘BiocParallel’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so':
  /public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/BiocParallel’

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpmJMSCe/downloaded_packages’
Installation path not writeable, unable to update packages: backports, boot,
  callr, class, cli, cluster, codetools, colorspace, crayon, desc, digest,
  fansi, farver, ggplot2, isoband, KernSmooth, labeling, lattice, lifecycle,
  magrittr, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, pillar, pkgbuild, pkgload,
  processx, ps, R6, Rcpp, rlang, rprojroot, rstudioapi, spatial, survival,
  testthat, tibble, utf8, vctrs, withr
Warning message:
In install.packages(...) :
  installation of package ‘BiocParallel’ had non-zero exit status

And my R session info is:

sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.0

Best,
Jia-Xing

Ngôn ngữ chính
R
Star
69
Fork
32
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/BiocParallel

Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.