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BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
4/5
Tempo stimato
3-5 giorni
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Bug
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
build-system

Direzione di ricerca

No repository files or tests are named. Start by reproducing the BiocParallel installation on CentOS 7 with R 3.6.0 and inspect the shared-library loading error. Done means identifying the source of the missing getrandom symbol and verifying a resolution.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

Hello,

I was trying to install BiocParallel with BiocManager::install("BiocParallel") but got the following errors. I've also tried alternative versions of Rs installed but the problem remains the same. Could you help me to figure out the cause of this problem? Thanks in advance.

Error message:

...
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘BiocParallel’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so':
  /public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/BiocParallel’

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpmJMSCe/downloaded_packages’
Installation path not writeable, unable to update packages: backports, boot,
  callr, class, cli, cluster, codetools, colorspace, crayon, desc, digest,
  fansi, farver, ggplot2, isoband, KernSmooth, labeling, lattice, lifecycle,
  magrittr, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, pillar, pkgbuild, pkgload,
  processx, ps, R6, Rcpp, rlang, rprojroot, rstudioapi, spatial, survival,
  testthat, tibble, utf8, vctrs, withr
Warning message:
In install.packages(...) :
  installation of package ‘BiocParallel’ had non-zero exit status

And my R session info is:

sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.0

Best,
Jia-Xing

Lingua principale
R
Stelle
69
Fork
32
Metriche di merge delle PR
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

Guida per i contributori

Nessuna guida per i contributori indicizzata per questo repository

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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