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BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom

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Evaluación

Dificultad
4/5
Tiempo estimado
3-5 días
Aptitud para principiantes
25/100
Tipo de issue
Error
Claridad
Necesita aclaración
Estado de actividad
Estancado
Stack tecnológico
r
Área
build-system

Línea de trabajo

No repository files or tests are named. Start by reproducing the BiocParallel installation on CentOS 7 with R 3.6.0 and inspect the shared-library loading error. Done means identifying the source of the missing getrandom symbol and verifying a resolution.

Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.

Descripción

Hello,

I was trying to install BiocParallel with BiocManager::install("BiocParallel") but got the following errors. I've also tried alternative versions of Rs installed but the problem remains the same. Could you help me to figure out the cause of this problem? Thanks in advance.

Error message:

...
** building package indices
** installing vignettes
** testing if installed package can be loaded from temporary location
Error: package or namespace load failed for ‘BiocParallel’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so':
  /public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/00LOCK-BiocParallel/00new/BiocParallel/libs/BiocParallel.so: undefined symbol: getrandom
Error: loading failed
Execution halted
ERROR: loading failed
* removing ‘/public/jxyue/Projects/X/build/R_libs/BiocParallel’

The downloaded source packages are in
	‘/tmp/RtmpmJMSCe/downloaded_packages’
Installation path not writeable, unable to update packages: backports, boot,
  callr, class, cli, cluster, codetools, colorspace, crayon, desc, digest,
  fansi, farver, ggplot2, isoband, KernSmooth, labeling, lattice, lifecycle,
  magrittr, MASS, Matrix, mgcv, nlme, nnet, pillar, pkgbuild, pkgload,
  processx, ps, R6, Rcpp, rlang, rprojroot, rstudioapi, spatial, survival,
  testthat, tibble, utf8, vctrs, withr
Warning message:
In install.packages(...) :
  installation of package ‘BiocParallel’ had non-zero exit status

And my R session info is:

sessionInfo()
R version 3.6.0 (2019-04-26)
Platform: x86_64-redhat-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS/LAPACK: /usr/lib64/R/lib/libRblas.so

locale:
[1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C
[3] LC_TIME=en_US.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8
[5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8 LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
[7] LC_PAPER=en_US.UTF-8 LC_NAME=C
[9] LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] stats graphics grDevices utils datasets methods base

loaded via a namespace (and not attached):
[1] compiler_3.6.0

Best,
Jia-Xing

Lenguaje dominante
R
Estrellas
69
Forks
32
Sin PR fusionados en 30 d

Preparar el entorno

Este proyecto no incluye contenedor de desarrollo, Dockerfile ni guía de contribución, así que la configuración corre por tu cuenta: empieza por su README y consulta nuestra guía para la primera contribución para los pasos generales.

Primeros pasos

  1. Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
  2. Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
  3. Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
  4. Abre un pull request que haga referencia al número del issue.

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