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  • fix: upgrade Sphinx to 7.x to restore Python 3.13+ docs build
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 82/100

    spacetx/starfish#2282 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • fix: repair broken AWS S3 links and add missing data links in osmFISH and ISS breast data-formatting examples
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 55/100

    spacetx/starfish#2216 · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • In some downloadable scripts from ReadTheDocs executable code is labeled as markdown and requires excessive manual edits
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 48/100

    spacetx/starfish#2161 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • seqFISH pipeline doesn't appear on ReadTheDocs pipeline examples
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 38/100

    spacetx/starfish#2153 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • barcodeBuildFunc modifies external variables
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    spacetx/starfish#2007 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Possible parameter inversion in LearnTransform.Translation class
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 40/100

    spacetx/starfish#2005 · 2 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • "ValueError: in1 and in2 should have the same dimensionality" when "is_volume=True" for Filter.DeconvolvePSF
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    spacetx/starfish#1912 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • IlastikPretrainedProbability is not compatible with cropped ImageStack
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    spacetx/starfish#1867 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • ApplyTransform.Warp.run() alters the TransformsList such that it can't be used again
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    spacetx/starfish#1866 · 1 comentário · 2 reações ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • get sphinx-gallery to render all examples
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    spacetx/starfish#1865 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • hide code blocks in examples
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1864 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • suppress progress bar output in doc examples
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 45/100

    spacetx/starfish#1863 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • add traffic analytics to docs
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 15/100

    spacetx/starfish#1862 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • make sure readthedocs ad banner doesn't block content
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 55/100

    spacetx/starfish#1861 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • suppress all warnings in docs
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 1/5 Menos de uma hora Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1860 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • add an ‘advanced analysis’ section with musings about things one might do
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 3/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 18/100

    spacetx/starfish#1858 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Correcting Images How to: deconvolution
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 22/100

    spacetx/starfish#1857 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Correcting Images How to: chromatic aberration
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1856 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • update Output Formats
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 15/100

    spacetx/starfish#1855 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • update "installation"
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1850 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • local_max_peak_finder throws error when `is_volume=False`
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    spacetx/starfish#1836 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • local_max_peak_finder reports too many spots when pixels have identical max intensity
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 30/100

    spacetx/starfish#1826 · 4 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • local_max_peak_finder reports erroneous x/y/z data with cropped datasets
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    bug

    spacetx/starfish#1814 · 1 comentário · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • support for 2D spot detection with TrackPy
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1813 · 3 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Improve CodebookValidator to check for likely errors
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    feature

    spacetx/starfish#1807 · 1 comentário · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • parameterize trackpy_local_max_peak_finder?
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?

    spacetx/starfish#1801 · 1 comentário · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • [todo] optimize performance of ThresholdBinarize
    Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 35/100

    spacetx/starfish#1789 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • [todo] improve ImageStack.shape type annotation
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1787 · 3 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • [todo] explore quality score further
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    spacetx/starfish#1784 · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • [todo] add guardrails to display
    Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1782 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • add test for geojson
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    spacetx/starfish#1776 · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • improve tests for normalize_code_traces
    Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 35/100

    spacetx/starfish#1770 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • [todo] improve tests for calclulate_mean_pixel_traces
    Aberta
    • Algo errado?
    tech debt

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1768 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Quality Assessment Tutorials
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1752 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Cell Assignment Tutorials
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1751 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Signal Enhancement Tutorials
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 30/100

    spacetx/starfish#1747 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Image Corrections Tutorials
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1746 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Add a bare minimum "Getting started" page
    Aberta
    • Algo errado?

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1744 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Reorganize content in documentation
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 30/100

    spacetx/starfish#1742 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Use 3D border exclusion for ISS
    Aberta
    • Algo errado?
    bug

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1732 · 1 comentário ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Add view method for SpotFindingResults
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    feature

    spacetx/starfish#1721 · 1 comentário · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • API is documentated with links to examples
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 4/5 3-5 dias Facilidade para iniciantes 25/100

    spacetx/starfish#1716 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • add 3D support to LocalMaxPeakFinder
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    feature

    spacetx/starfish#1679 · 1 comentário · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • use intersphinx to provide inline links to other package's documentation
    Talvez livre de novo Aberta
    • Algo errado?
    docs

    spacetx/starfish#1678 · 1 responsável ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Improve access to datasets
    Aberta
    • Algo errado?
    Epic

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1677 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Support for segmentation-free cell assignment
    Aberta
    • Algo errado?
    feature help wanted

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    spacetx/starfish#1675 · 1 reação ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • adding support for proteomics assays
    Aberta
    • Algo errado?
    feature help wanted

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 12/100

    spacetx/starfish#1674 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • display() compatibility with SpotFindingResults or descriptive error
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 3/5 1-2 dias Facilidade para iniciantes 45/100

    spacetx/starfish#1661 ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • 3D image registration
    Aberta
    • Algo errado?
    feature

    Dificuldade 5/5 Mais de uma semana Facilidade para iniciantes 20/100

    spacetx/starfish#1620 · 1 comentário · 1 reação ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

  • Document data availability
    Aberta
    • Algo errado?
    docs

    Dificuldade 2/5 Meio dia Facilidade para iniciantes 48/100

    spacetx/starfish#1612 · 2 comentários ·

    Mantenedores costumam responder em até 3 dias

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