spacetx

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 82/100

  spacetx/starfish#2282 · Ouverte le 12/11/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• fix: repair broken AWS S3 links and add missing data links in osmFISH and ISS breast data-formatting examples

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 55/100

  spacetx/starfish#2216 · 1 personne assignée · Ouverte le 13/4/2026

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• In some downloadable scripts from ReadTheDocs executable code is labeled as markdown and requires excessive manual edits

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 48/100

  spacetx/starfish#2161 · Ouverte le 24/11/2025

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• seqFISH pipeline doesn't appear on ReadTheDocs pipeline examples

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 38/100

  spacetx/starfish#2153 · Ouverte le 5/11/2025

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• barcodeBuildFunc modifies external variables

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

  spacetx/starfish#2007 · 1 commentaire · Ouverte le 16/11/2023

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Possible parameter inversion in LearnTransform.Translation class

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 40/100

  spacetx/starfish#2005 · 2 commentaires · Ouverte le 15/11/2023

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• "ValueError: in1 and in2 should have the same dimensionality" when "is_volume=True" for Filter.DeconvolvePSF

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  spacetx/starfish#1912 · Ouverte le 4/11/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• IlastikPretrainedProbability is not compatible with cropped ImageStack

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  spacetx/starfish#1867 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• ApplyTransform.Warp.run() alters the TransformsList such that it can't be used again

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  spacetx/starfish#1866 · 1 commentaire · 2 réactions · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• get sphinx-gallery to render all examples

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  spacetx/starfish#1865 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• hide code blocks in examples

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

  spacetx/starfish#1864 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• suppress progress bar output in doc examples

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 45/100

  spacetx/starfish#1863 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• add traffic analytics to docs

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 15/100

  spacetx/starfish#1862 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• make sure readthedocs ad banner doesn't block content

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 55/100

  spacetx/starfish#1861 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• suppress all warnings in docs

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  Difficulté 1/5 Moins d'une heure Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1860 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• add an ‘advanced analysis’ section with musings about things one might do

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  Difficulté 3/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 18/100

  spacetx/starfish#1858 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Correcting Images How to: deconvolution

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 22/100

  spacetx/starfish#1857 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Correcting Images How to: chromatic aberration

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 20/100

  spacetx/starfish#1856 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• update Output Formats

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 15/100

  spacetx/starfish#1855 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• update "installation"

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 20/100

  spacetx/starfish#1850 · Ouverte le 10/4/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• local_max_peak_finder throws error when `is_volume=False`

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100

  spacetx/starfish#1836 · Ouverte le 24/3/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• local_max_peak_finder reports too many spots when pixels have identical max intensity

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 30/100

  spacetx/starfish#1826 · 4 commentaires · Ouverte le 12/3/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• local_max_peak_finder reports erroneous x/y/z data with cropped datasets

  Peut-être à nouveau libre @shanaxel42 l’a pris il y a 2453 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1814 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 12/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• support for 2D spot detection with TrackPy

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1813 · 3 commentaires · Ouverte le 12/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Improve CodebookValidator to check for likely errors

  Peut-être à nouveau libre @ttung l’a pris il y a 2453 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1807 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 10/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• parameterize trackpy_local_max_peak_finder?

  Peut-être à nouveau libre @mattcai l’a pris il y a 2467 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1801 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 10/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• [todo] optimize performance of ThresholdBinarize

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100

  spacetx/starfish#1789 · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• [todo] improve ImageStack.shape type annotation

  Peut-être à nouveau libre Une pull request pour cette issue a été fermée sans être fusionnée. Ouverte

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1787 · 3 commentaires · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• [todo] explore quality score further

  Peut-être à nouveau libre @dganguli l’a pris il y a 2472 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1784 · 1 personne assignée · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• [todo] add guardrails to display

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1782 · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• add test for geojson

  Peut-être à nouveau libre @shanaxel42 l’a pris il y a 2467 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1776 · 1 personne assignée · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• improve tests for normalize_code_traces

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  Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 35/100

  spacetx/starfish#1770 · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• [todo] improve tests for calclulate_mean_pixel_traces

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1768 · Ouverte le 5/2/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Quality Assessment Tutorials

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1752 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Cell Assignment Tutorials

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1751 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Signal Enhancement Tutorials

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  spacetx/starfish#1747 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Image Corrections Tutorials

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  spacetx/starfish#1746 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Add a bare minimum "Getting started" page

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  spacetx/starfish#1744 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Reorganize content in documentation

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  spacetx/starfish#1742 · Ouverte le 22/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Use 3D border exclusion for ISS

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  spacetx/starfish#1732 · 1 commentaire · Ouverte le 13/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Add view method for SpotFindingResults

  Peut-être à nouveau libre @shanaxel42 l’a pris il y a 2501 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1721 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 7/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• API is documentated with links to examples

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  Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 25/100

  spacetx/starfish#1716 · Ouverte le 6/1/2020

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• add 3D support to LocalMaxPeakFinder

  Peut-être à nouveau libre @shanaxel42 l’a pris il y a 2543 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1679 · 1 commentaire · 1 personne assignée · Ouverte le 26/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• use intersphinx to provide inline links to other package's documentation

  Peut-être à nouveau libre @mattcai l’a pris il y a 2430 jours, et aucune pull request n’est ouverte. Ouverte

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  spacetx/starfish#1678 · 1 personne assignée · Ouverte le 26/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Improve access to datasets

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

  spacetx/starfish#1677 · Ouverte le 25/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Support for segmentation-free cell assignment

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  spacetx/starfish#1675 · 1 réaction · Ouverte le 25/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• adding support for proteomics assays

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 12/100

  spacetx/starfish#1674 · Ouverte le 25/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• display() compatibility with SpotFindingResults or descriptive error

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  Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 45/100

  spacetx/starfish#1661 · Ouverte le 20/11/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• 3D image registration

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  Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 20/100

  spacetx/starfish#1620 · 1 commentaire · 1 réaction · Ouverte le 18/10/2019

  Les mainteneurs répondent en général sous 3 jours

• Document data availability

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  Difficulté 2/5 Une demi-journée Accessibilité débutants 48/100

  spacetx/starfish#1612 · 2 commentaires · Ouverte le 14/10/2019

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