Network layouts handle negative values
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Avaliação
- Dificuldade
- 5/5
- Tempo estimado
- Mais de uma semana
- Facilidade para iniciantes
- 25/100
- Tipo de issue
- Funcionalidade
- Clareza
- Precisa de esclarecimento
- Status de atividade
- Estagnada
- Stack de tecnologia
- r
- Domínio
- data-visualization
Direção de pesquisa
Start with the force-directed layout entry points and igraph behavior for networks containing positive and negative edge weights. Compare results on representative networks rather than only small examples, including the WGCNA negative-edge use case. Done means the required behavior and scope are specified, including whether positive-only, negative-only, both, or absolute-value handling is needed.
Escrita pelo modelo de indexação a partir do texto da issue.
Descrição
I did some looking and folks don't seem to be happy with how the force-directed layouts in igraph handle negative weights. Often the examples i saw only had a few nodes, so i think we should see how it goes with our networks and modify if needed.
If we do need to modify, one fun idea would be to have options for force-directed: positive only, negative only, both, or absolute value. Basically ways to keep all the edge weights on one side of 0 (except the "both" option). Kathryn was talking about how she's actually only interested in negative edges for the wgcna stuff, which led me to think about this plan.
- Linguagem predominante
- R
- Estrelas
- 1
- Forks
- 0
- Métricas de merge de PRs
- Nenhum PR com merge em 30d
Preparar o ambiente
Inicia o contêiner de desenvolvimento do projeto no navegador, com a sua própria conta do GitHub.
- Sem Dockerfile nem arquivo Docker Compose
- Sem modelo de pull request
- Sem guia de contribuição
Primeiros passos
- Leia a issue inteira e depois o guia de contribuição do projeto.
- Comente na issue dizendo que vai assumir — evita que duas pessoas façam o mesmo trabalho.
- Faça um fork do repositório e trabalhe em uma branch.
- Abra um pull request que referencie o número da issue.
Mais de VEuPathDB/plot.data
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Need to look into exports of `toJSON`Talvez já em andamento Um pull request vinculado a esta issue está aberto ou já foi mesclado. Aberta
Dificuldade 2/5 1-3 horas Facilidade para iniciantes 25/100
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empty two by twoAberta
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Positioning node labelsAberta
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Todas as issues de VEuPathDB/plot.data
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