Network layouts handle negative values
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Évaluation
- Difficulté
- 5/5
- Temps estimé
- Plus d'une semaine
- Accessibilité débutants
- 25/100
- Type d'issue
- Fonctionnalité
- Clarté
- À clarifier
- Activité
- À l'abandon
- Stack technique
- r
- Domaine
- data-visualization
Piste de recherche
Start with the force-directed layout entry points and igraph behavior for networks containing positive and negative edge weights. Compare results on representative networks rather than only small examples, including the WGCNA negative-edge use case. Done means the required behavior and scope are specified, including whether positive-only, negative-only, both, or absolute-value handling is needed.
Rédigé par le modèle d'indexation à partir du texte de l'issue.
Description
I did some looking and folks don't seem to be happy with how the force-directed layouts in igraph handle negative weights. Often the examples i saw only had a few nodes, so i think we should see how it goes with our networks and modify if needed.
If we do need to modify, one fun idea would be to have options for force-directed: positive only, negative only, both, or absolute value. Basically ways to keep all the edge weights on one side of 0 (except the "both" option). Kathryn was talking about how she's actually only interested in negative edges for the wgcna stuff, which led me to think about this plan.
- Langage dominant
- R
- Étoiles
- 1
- Forks
- 0
- Métriques de merge des PR
- Aucune PR mergée en 30 j
Préparer son environnement
Lance le conteneur de développement du projet dans votre navigateur, avec votre propre compte GitHub.
- Aucun Dockerfile ni fichier Docker Compose
- Aucun modèle de pull request
- Aucun guide de contribution
Par où commencer
- Lisez l'issue en entier, puis le guide de contribution du projet.
- Signalez en commentaire que vous la prenez — cela évite que deux personnes fassent le même travail.
- Forkez le dépôt et travaillez sur une branche.
- Ouvrez une pull request qui référence le numéro de l'issue.
Autres issues de VEuPathDB/plot.data
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Need to look into exports of `toJSON`Peut-être pris Une pull request liée à cette issue est ouverte ou déjà fusionnée. Ouverte
Difficulté 2/5 1-3 heures Accessibilité débutants 25/100
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100
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Difficulté 3/5 1-2 jours Accessibilité débutants 35/100
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empty two by twoOuverte
Difficulté 4/5 3-5 jours Accessibilité débutants 35/100
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Positioning node labelsOuverte
Difficulté 5/5 Plus d'une semaine Accessibilité débutants 25/100
Toutes les issues de VEuPathDB/plot.data
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