Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

Internal transfers are counted as readmissions

オープン
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@thebean27 がすでに取り組んでいます。

2026年10月6日 から。

  • #1275 @thebean27 による — オープン

評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
35/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
python
領域
data

調査の方向性

The issue provides a reproducer using admissions.csv.gz and points to the prior exclusion clause removed in PR #815; start by tracing the readmission-label logic and reviewing PR #815 and the open PR #1275. Compare how admissions less than an hour apart are labeled with the intended treatment of internal transfers. Done means the behavior is addressed or its intended configuration is clarified, with tests covering the relevant case.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Hi, first of all thank you for your repo; it has been useful for my research and very easy to use.

I have found an issue wherein internal transfers are counted as readmissions rather than treated as part of the same visit; which I think is surprising and probably not what most people want to model.

Reproduce (needs only admissions.csv.gz)

import polars as pl
pl.Config.set_fmt_str_lengths(60)   # print full admission_location strings

adm = (
    pl.read_csv("data/mimiciv/3.1/hosp/admissions.csv.gz", try_parse_dates=True)
       .sort("subject_id", "admittime")
       .with_columns(
              next_admit=pl.col("admittime").shift(-1).over("subject_id"),
              next_loc=pl.col("admission_location").shift(-1).over("subject_id")
       )
       .filter(pl.col("next_admit").is_not_null())
)
gap = pl.col("next_admit") - pl.col("dischtime")
pos = adm.filter(gap < pl.duration(days=30))          # the task's label rule
split = pos.filter(gap < pl.duration(hours=1))

print("total 30-day readmissions:", len(pos))     # 110k
print("readmissions within 1hr:  ", len(split))   # 10k (~9%)

# second admisison_location
print(split["next_loc"].value_counts(sort=True).head(5))
# ┌────────────────────────────────────────┬───────┐
# │ next_loc                               ┆ count │
# │ ---                                    ┆ ---   │
# │ str                                    ┆ u32   │
# ╞════════════════════════════════════════╪═══════╡
# │ INTERNAL TRANSFER TO OR FROM PSYCH     ┆ 5609  │
# │ PHYSICIAN REFERRAL                     ┆ 1844  │
# │ EMERGENCY ROOM                         ┆ 1451  │
# │ TRANSFER FROM SKILLED NURSING FACILITY ┆ 535   │
# │ WALK-IN/SELF REFERRAL                  ┆ 103   │
# └────────────────────────────────────────┴───────┘

Possibly related to https://patch-diff.githubusercontent.com/raw/sunlabuiuc/PyHealth/pull/815.diff
which removed a clause excluding admissions within 3hrs of a prev. admission.

-                if time_diff_hour <= 3:
-                    continue

A possible fix could be to merge admissions occuring within some time period and adding that as a configuration option and to emit some warning suggesting user's configure that value. I would imagine waiting for a major version change to change the default behaviour would be a good idea.

Environment: PyHealth 2.0.2, MIMIC-IV 3.1.

主要言語
Python
スター
1.7k
フォーク
803
平均マージ
5日 16時間
マージ済み PR（30日）
58

環境構築

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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