Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Internal transfers are counted as readmissions

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#1,269 3 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 3 ngày

@thebean27 đang làm issue này rồi.

Từ ngày 6/10/2026.

  • #1275 của @thebean27 — đang mở

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
python
Lĩnh vực
data

Hướng nghiên cứu

The issue provides a reproducer using admissions.csv.gz and points to the prior exclusion clause removed in PR #815; start by tracing the readmission-label logic and reviewing PR #815 and the open PR #1275. Compare how admissions less than an hour apart are labeled with the intended treatment of internal transfers. Done means the behavior is addressed or its intended configuration is clarified, with tests covering the relevant case.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Hi, first of all thank you for your repo; it has been useful for my research and very easy to use.

I have found an issue wherein internal transfers are counted as readmissions rather than treated as part of the same visit; which I think is surprising and probably not what most people want to model.

Reproduce (needs only admissions.csv.gz)

import polars as pl
pl.Config.set_fmt_str_lengths(60)   # print full admission_location strings

adm = (
    pl.read_csv("data/mimiciv/3.1/hosp/admissions.csv.gz", try_parse_dates=True)
       .sort("subject_id", "admittime")
       .with_columns(
              next_admit=pl.col("admittime").shift(-1).over("subject_id"),
              next_loc=pl.col("admission_location").shift(-1).over("subject_id")
       )
       .filter(pl.col("next_admit").is_not_null())
)
gap = pl.col("next_admit") - pl.col("dischtime")
pos = adm.filter(gap < pl.duration(days=30))          # the task's label rule
split = pos.filter(gap < pl.duration(hours=1))

print("total 30-day readmissions:", len(pos))     # 110k
print("readmissions within 1hr:  ", len(split))   # 10k (~9%)

# second admisison_location
print(split["next_loc"].value_counts(sort=True).head(5))
# ┌────────────────────────────────────────┬───────┐
# │ next_loc                               ┆ count │
# │ ---                                    ┆ ---   │
# │ str                                    ┆ u32   │
# ╞════════════════════════════════════════╪═══════╡
# │ INTERNAL TRANSFER TO OR FROM PSYCH     ┆ 5609  │
# │ PHYSICIAN REFERRAL                     ┆ 1844  │
# │ EMERGENCY ROOM                         ┆ 1451  │
# │ TRANSFER FROM SKILLED NURSING FACILITY ┆ 535   │
# │ WALK-IN/SELF REFERRAL                  ┆ 103   │
# └────────────────────────────────────────┴───────┘

Possibly related to https://patch-diff.githubusercontent.com/raw/sunlabuiuc/PyHealth/pull/815.diff
which removed a clause excluding admissions within 3hrs of a prev. admission.

-                if time_diff_hour <= 3:
-                    continue

A possible fix could be to merge admissions occuring within some time period and adding that as a configuration option and to emit some warning suggesting user's configure that value. I would imagine waiting for a major version change to change the default behaviour would be a good idea.

Environment: PyHealth 2.0.2, MIMIC-IV 3.1.

Ngôn ngữ chính
Python
Star
1.7k
Fork
803
Merge trung bình
5 ngày 7 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
58

Chuẩn bị môi trường

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của sunlabuiuc/PyHealth

Tất cả issue của sunlabuiuc/PyHealth

Issue tương tự

Thêm issue về Python

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.