Invalid "selection" values in "read_zarr()" should raise an error
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評価
調査の方向性
エントリーポイントである spatialdata.read_zarr() から始め、selection 引数がどのように処理されるかを確認します。images、labels、points、shapes、tables に対してエントリを検証し、"table" のような未知の値がデータを黙って省略するのではなく、明確な ValueError を発生させることを確認します。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
spatialdata.read_zarr() currently appears to silently ignore invalid values passed to selection.
For example:
sdata = spatialdata.read_zarr(
path,
selection=("table",),
)
returns a SpatialData object with no loaded tables instead of indicating that "table" is not a valid selector.
It would be safer if read_zarr() validated selection against the supported values:
{"images", "labels", "points", "shapes", "tables"}
and raised a clear ValueError for unknown entries. Silent failure can otherwise make a valid Zarr store look empty and is difficult to diagnose.
- 主要言語
- Python
- スター
- 399
- フォーク
- 100
- 平均マージ
- 1日 1時間
- マージ済み PR(30日)
- 3
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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SpatialData 0.8.0 permits Zarr versions that do not provide ArrayNotFoundError対応中かも @Darlokt が 18 日前に担当しました。 オープン
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bug 🚨 element: labels 🏷️ method: aggregation 🔢 needs: triage priority: medium
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