DeseqStats for a single gene of interest
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 45/100
- Tipo de issue
- Nueva funcionalidad
- Claridad
- Bastante claro
- Estado de actividad
- Tranquilo
- Stack tecnológico
- python
- Área
- bioinformatics
Línea de trabajo
Comienza con el punto de entrada de DeseqStats y la ruta de resultados de dds.deseq2() en PyDESeq2 0.5.4; compara cómo se gestiona un DeseqDataSet completo con el intento de usar un subconjunto de un solo gen. Define como terminado obtener las estadísticas resumidas de la prueba de Wald para un gen objetivo sin procesar todos los genes, preservando el comportamiento existente para el conjunto de datos completo.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
Hello
Is there a way to restrict DeseqStats (Wald test) to only one specific gene instead of the entire DeseqDataSet?
I am performing genetic interaction testing across 100,000+ contexts (Gene-SNP-Celltype). For each test, I only need the summary statistics for a single target gene.
I have already run dds.deseq2() on the full dataset, but running DeseqStats(dds, ...).summary() on all genes is computationally prohibitive at this scale. I have tried subsetting the dds object to the gene of interest before calling DeseqStats, but this does not work.
Is there a recommended way to perform the Wald test and results extraction for a single gene to optimize runtime?
i am using (pydeseq2.version) 0.5.4
thanks
- Lenguaje dominante
- Python
- Estrellas
- 768
- Forks
- 94
- Merge medio
- 16 min
- PR fusionados (30 d)
- 1
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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