Support submission of metagenomic assemblies generated from co-assemblies
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- 機能追加
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 領域
- data
調査の方向性
docs/usage.md の metagenomic_assemblies セクションを読み、次に PR #66 を確認して、その説明にある残りの作業をレビューしてください。複数回実行時の CoverM 出力とそのカバレッジ計算を調査し、必要に応じて nf-test を使用してください。co-assembly の submission フローがテストされ、PR #66 がレビューされてマージされれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Difficulty: Medium
Why this matters: the pipeline submits metagenomic assemblies to ENA (European Nucleotide Archive). A co-assembly is when reads from several sequencing runs are assembled together into one set of contigs, instead of assembling each run on its own. This is common in metagenomics because it can improve results for organisms that are rare in any single sample. Right now the metagenomic_assemblies mode assumes one run per assembly, so there's no way to describe "this assembly came from runs A, B and C together". This is the other half of the co-assembly problem, on the metagenomic assemblies side (see issue # for the equivalent problem on the MAGs/bins side).
Good to know before starting: there's already an open pull request (#66) that implements most of this, it accepts semicolon-separated run accessions and read files, calculates coverage across multiple runs, and registers a stand-in sample that ties the co-assembly back to all its source runs. The task here is to pick that PR up and finish it rather than start from scratch.
Some terms: ENA (European Nucleotide Archive) is the public repository this pipeline submits data to, and Webin is ENA's account and authentication system needed to submit anything (free, self-service registration). Co-assembly is explained above. An "umbrella" or virtual sample is a synthetic ENA sample used to represent data that comes from more than one original sample, since ENA submissions need to point at exactly one sample.
Skills / experience: Nextflow, reading and continuing someone else's in-progress code, nf-test (see the nf-core nf-test testing guide if this is new to you). Familiarity with the concept of genome coverage depth would be helpful.
Suggested approach:
- Read the
metagenomic_assembliesmode section ofdocs/usage.mdto be familiar with submission process. - Check out the PR #66 branch and read its description, which already lists what's left to do.
- Fix the coverage calculation bug it flags (the multi-run CoverM output has more columns than the single-run case handles).
- Help get the PR reviewed and merged.
- 主要言語
- Nextflow
- スター
- 22
- フォーク
- 11
- 平均マージ
- 1日 4時間
- マージ済み PR（30日）
- 8
環境構築
このプロジェクトの開発コンテナを、あなたの GitHub アカウントでブラウザ上に起動します。
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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