Hacktoberfest 2026：メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

Allow BAM as input for long-reads submission

オープン
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@Vkale1 がすでに取り組んでいます。

2026年10月15日 から。

評価

難易度
5/5
見積もり時間
1週間以上
初心者へのやさしさ
42/100
issue の種類
機能追加
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
活発
領域
data-engineering

調査の方向性

まず、raw-read のファイルタイプ処理と、ゲノムアップロードステップの Nextflow パラメータを特定します。既存の genome_uploader PR を確認し、PacBio および ONT 形式の ENA 提出要件を確認します。単一コンティグの long-read ゲノムと FastQ/BAM 提出がエンドツーエンドで動作し、大容量アップロード後も適切に再試行できれば完了です。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

enhancement

Description of feature

1. Long-read raw read submission (--mode reads)

Samplesheet schema (assets/schema_input_reads.json)

  • fastq_1 only accepts FASTQ. Add a new bam column, and require either fastq_1 or bam. A separate column is clearer than widening the fastq_1 pattern, since ENA treats BAM as its own manifest field.
  • Only allow bam when platform is OXFORD_NANOPORE or PACBIO_SMRT, and require fastq_2 to be empty for those platforms.
  • To confirm: leave out .tar.gz until ENA confirms whether it will still be supported.
    Workflow (workflows/readsubmit.nf)
  • Update the samplesheet mapping for the new bam column and record the file type (FASTQ or BAM) in meta.
    Manifest creation (modules/local/create_reads_manifest/main.nf)
  • Add BAM support so the manifest gets a BAM line instead of FASTQ lines.
  • To confirm: whether create_reads_manifest in mgnify-pipelines-toolkit (1.5.1) supports BAM.

2. Make BAM uploads retry cleanly

  • ENA_WEBIN_CLI_WRAPPER only retries on a few exit codes, once. Network failures during upload usually aren't retried. Add a withName block in conf/modules.config that retries on any failure, at least 3 times, with more time per attempt.
  • If an upload succeeds but the task fails afterwards, the retry will be rejected by ENA as already submitted. Check that the wrapper treats this as success and recovers the accession; if not, fix upstream.
  • The wrapper copies input files into the work directory. Switch to symlinks if Webin-CLI allows it, to save disk and time.
  • Optional: expose Webin-CLI's Aspera option for faster uploads (needs Aspera in the container).

3. Raw read tests

  • Add a small ONT FASTQ and a small long-read BAM to nf-core/test-datasets.
  • Add tests test_reads_long_fastq and test_reads_long_bam.
主要言語
Nextflow
スター
22
フォーク
11
平均マージ
1日 4時間
マージ済み PR（30日）
8

環境構築

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