Bug in modkit extract full, canonical_base does not match reference sequence
まだ誰も着手していません。
評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 42/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- 説明が足りない
- 活発さ
- 静か
- 技術スタック
- rust
- 領域
- bioinformatics, cli
調査の方向性
Start at the modkit extract full command entry point and reproduce the report using the supplied reference segment, query_kmer values, and output examples. Trace how indels affect canonical_base and compare the resulting positions with the reference; done means the behavior is corrected or its expected handling is clearly documented and covered by a regression test.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Hi,
The results of my data after running modkit extract full does not match my reference.
From my reference, position 138 and 140 is T and 139 is C.
However, from the results of modkit extract full some read that contains position139 is identified as T in the out.
I see the same issue across the whole transcript, some positions are wrongly identified as T.
Looking at some of the reads and comparing the query_kmer with the reference sequence, it seems to be caused by an indels that is unmapped to the reference.
This is part of my reference:
135-144 (starts from 1)
cgcctctggc
For my downstream analysis, can I just discard the positions that have the wrong reference?
Below is the output of my results:
<style> </style>| 5f0af38a-7492-48aa-a3de-1ed2ee404383 | 181 | 138 | gene | + | + | + | 2 | 62 | 9 | 3149 | 3243 | 0.9863281 | 17802 | 13 | . | TCGCCTCTGGC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| f41ca671-d4c5-42d6-8ee6-1b954a8d964f | 127 | 139 | gene | + | + | + | 9 | 16 | 22 | 3149 | 3140 | 0.9082031 | 17802 | 7 | . | CGCCCTTGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| ad238b5c-a836-478d-b239-a65408a0af2c | 128 | 139 | gene | + | + | + | 1 | 39 | 9 | 3149 | 3185 | 0.9042969 | 17802 | 11 | . | CGCCTTCGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| bffc67f7-c72c-4a60-a7b4-cb0b857fb67d | 129 | 139 | gene | + | + | + | 3 | 42 | 12 | 3149 | 3171 | 0.9902344 | 17802 | 9 | . | CGCCTTCGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| efa15c98-4958-40a0-9aef-d730efe32625 | 63 | 140 | gene | + | + | + | 0 | 39 | 76 | 3149 | 3079 | 0.9941406 | 17802 | 31 | . | GCCTCTGGCCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
- 主要言語
- Rust
- スター
- 281
- フォーク
- 35
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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