Bug in modkit extract full, canonical_base does not match reference sequence
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 42/100
- Tipo di issue
- Bug
- Chiarezza
- Da chiarire
- Stato di attività
- Tranquilla
- Stack tecnologico
- rust
- Ambito
- bioinformatics, cli
Direzione di ricerca
Start at the modkit extract full command entry point and reproduce the report using the supplied reference segment, query_kmer values, and output examples. Trace how indels affect canonical_base and compare the resulting positions with the reference; done means the behavior is corrected or its expected handling is clearly documented and covered by a regression test.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
Hi,
The results of my data after running modkit extract full does not match my reference.
From my reference, position 138 and 140 is T and 139 is C.
However, from the results of modkit extract full some read that contains position139 is identified as T in the out.
I see the same issue across the whole transcript, some positions are wrongly identified as T.
Looking at some of the reads and comparing the query_kmer with the reference sequence, it seems to be caused by an indels that is unmapped to the reference.
This is part of my reference:
135-144 (starts from 1)
cgcctctggc
For my downstream analysis, can I just discard the positions that have the wrong reference?
Below is the output of my results:
<style> </style>| 5f0af38a-7492-48aa-a3de-1ed2ee404383 | 181 | 138 | gene | + | + | + | 2 | 62 | 9 | 3149 | 3243 | 0.9863281 | 17802 | 13 | . | TCGCCTCTGGC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| f41ca671-d4c5-42d6-8ee6-1b954a8d964f | 127 | 139 | gene | + | + | + | 9 | 16 | 22 | 3149 | 3140 | 0.9082031 | 17802 | 7 | . | CGCCCTTGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| ad238b5c-a836-478d-b239-a65408a0af2c | 128 | 139 | gene | + | + | + | 1 | 39 | 9 | 3149 | 3185 | 0.9042969 | 17802 | 11 | . | CGCCTTCGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| bffc67f7-c72c-4a60-a7b4-cb0b857fb67d | 129 | 139 | gene | + | + | + | 3 | 42 | 12 | 3149 | 3171 | 0.9902344 | 17802 | 9 | . | CGCCTTCGGCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
| efa15c98-4958-40a0-9aef-d730efe32625 | 63 | 140 | gene | + | + | + | 0 | 39 | 76 | 3149 | 3079 | 0.9941406 | 17802 | 31 | . | GCCTCTGGCCC | T | T | FALSE | 0 | 3149 |
- Lingua principale
- Rust
- Stelle
- 277
- Fork
- 34
- Metriche di merge delle PR
- Nessuna PR unita negli ultimi 30g
Preparare l'ambiente
Questo progetto non fornisce container di sviluppo, Dockerfile né guida per i contributori, quindi l'ambiente è a tuo carico: parti dal suo README e consulta la nostra guida al primo contributo per i passaggi generali.
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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