オーナー
eastgenomics
索引済みのリポジトリ 104 件 · GitHub で見る
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eggd_tso500
Runs the Illumina TSO500 local analysis app.
Shell · スター 5 個
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athena
Provides HTML reports with detailed coverage analysis for clinical NGS data.
HTML · スター 5 個
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eggd_mosdepth
mosdepth (DNAnexus Platform App)
Shell · スター 4 個
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Python · スター 3 個
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Shell · スター 3 個
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themis
Code for internal bioinformatics team auditing
Python · スター 3 個
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Python · スター 2 個
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Python · スター 2 個
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Shell · スター 2 個
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eggd_vcf_rescue
DNAneuxs app to rescue filtered out variants against known sites or non-PASS
Shell · スター 2 個
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s3_upload
Uploads Illumina sequencing runs into Amazon S3 storage
Python · スター 2 個
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eggd_uranus_main_workflow
DNAnexus Uranus workflow to support the Haem-Onc myeloid project
スター 2 個
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eggd_generate_variant_workbook
DNAnexus app for generating xlsx variant workbooks
Python · スター 2 個
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automated-archiving
Python script to monitor archiving on DNANexus
Python · スター 2 個
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trendyQC
Django app for monitoring trends in MultiQC data
Python · スター 2 個
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eggd_iva_upload
Push data to IVA
Shell · スター 1 個
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hermes
East Genomics private Slack bot !
Python · スター 1 個
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eggd_dx_checker
App to check for effects of weekly DNAnexus updates
Shell · スター 1 個
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eggd_bam2fqs
Convert BAM file to fastqs
Shell · スター 1 個
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KASP_to_VCF
Converts KASP SNP genotyping csv output to VCF
Python · スター 1 個
- ほか 84 件のリポジトリは GitHub で見る にあります
誰かが対応中かもしれないイシューは最後に並べています。 すべて日付順に表示
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 82/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 82/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
eastgenomics/eggd_vep#31 ·
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 84/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 75/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 90/100
eastgenomics/eggd_dias_batch#235 ·
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som.py not decomposing MNVs into dinucleotide/single-base substitutions — causes missed matchesオープン
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 65/100
eastgenomics/eggd_sompy#18 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 85/100
eastgenomics/eggd_conductor#201 ·
メンテナーはふだん 11 日以内に返信
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
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enhancement
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 30/100
eastgenomics/eggd_conductor_configs#299 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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enhancement
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 90/100
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
eastgenomics/eggd_conductor_configs#289 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 85/100
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enhancement
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100
eastgenomics/eggd_conductor#189 ·
メンテナーはふだん 11 日以内に返信
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 85/100
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bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
eastgenomics/athena#115 ·
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documentation
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 85/100
eastgenomics/eggd_vep#30 ·
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 88/100
eastgenomics/eggd_fastqc#12 ·
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Unknown issueオープン
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100
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bug
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100
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enhancement
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 84/100
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Shouldn't be using apt-get install but use pre-compiled asset instead再び着手できるかも @RSWilson1 が 64 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープンenhancement
eastgenomics/eggd_sentieon_umi#3 · 担当者 1 名 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 45/100
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enhancement
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100
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Maintain Exomiser Rank filtering in cases without GEL Tiered variants再び着手できるかも @chrispyatt が 68 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン
eastgenomics/eggd_generate_rd_wgs_workbook#46 · 担当者 1 名 ·
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 85/100
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 64/100
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enhancement
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 62/100
eastgenomics/eggd_dias_batch#234 ·
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enhancement
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 58/100
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難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 90/100
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enhancement
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100
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bug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 55/100
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documentation
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 90/100
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 72/100
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難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100
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enhancement
難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100
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bug
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 35/100
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 48/100
eastgenomics/eggd_conductor_monitor#27 · コメント 1 件 ·
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難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 64/100
eastgenomics/eggd_sompy#16 ·
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Logs are too longオープン
難易度 1/5 1時間未満 初心者へのやさしさ 86/100
eastgenomics/eggd_conductor#187 ·
メンテナーはふだん 11 日以内に返信
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remove apheleiaオープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 55/100
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documentation
難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 45/100
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Bug
難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 15/100
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Workflow diagram shows eggd_vcf_normaliser uses output of VCF rescue, should be the other way aroundオープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 42/100
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