Proprietario
eastgenomics
104 repository indicizzati · Vedi su GitHub
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eggd_tso500
Runs the Illumina TSO500 local analysis app.
Shell · 5 stelle
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athena
Provides HTML reports with detailed coverage analysis for clinical NGS data.
HTML · 5 stelle
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eggd_mosdepth
mosdepth (DNAnexus Platform App)
Shell · 4 stelle
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Python · 3 stelle
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Shell · 3 stelle
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themis
Code for internal bioinformatics team auditing
Python · 3 stelle
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Python · 2 stelle
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Python · 2 stelle
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Shell · 2 stelle
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eggd_vcf_rescue
DNAneuxs app to rescue filtered out variants against known sites or non-PASS
Shell · 2 stelle
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s3_upload
Uploads Illumina sequencing runs into Amazon S3 storage
Python · 2 stelle
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eggd_uranus_main_workflow
DNAnexus Uranus workflow to support the Haem-Onc myeloid project
2 stelle
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eggd_generate_variant_workbook
DNAnexus app for generating xlsx variant workbooks
Python · 2 stelle
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automated-archiving
Python script to monitor archiving on DNANexus
Python · 2 stelle
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trendyQC
Django app for monitoring trends in MultiQC data
Python · 2 stelle
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eggd_iva_upload
Push data to IVA
Shell · 1 stella
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hermes
East Genomics private Slack bot !
Python · 1 stella
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eggd_dx_checker
App to check for effects of weekly DNAnexus updates
Shell · 1 stella
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eggd_bam2fqs
Convert BAM file to fastqs
Shell · 1 stella
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KASP_to_VCF
Converts KASP SNP genotyping csv output to VCF
Python · 1 stella
- 84 altri repository si trovano su Vedi su GitHub
Le issue su cui forse qualcuno sta già lavorando sono in fondo alla lista. Ordina tutto per data
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 82/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
eastgenomics/eggd_vep#31 ·
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 84/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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Update "allProjects": "VIEW"Aperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 90/100
eastgenomics/eggd_dias_batch#235 ·
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som.py not decomposing MNVs into dinucleotide/single-base substitutions — causes missed matchesAperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 65/100
eastgenomics/eggd_sompy#18 ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
eastgenomics/eggd_conductor#201 ·
I maintainer di solito rispondono entro 11 giorni
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 30/100
eastgenomics/eggd_conductor_configs#299 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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enhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
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Update README & code.shAperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 90/100
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100
eastgenomics/eggd_conductor_configs#289 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
eastgenomics/eggd_conductor#189 ·
I maintainer di solito rispondono entro 11 giorni
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
eastgenomics/athena#115 ·
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documentation
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
eastgenomics/eggd_vep#30 ·
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 88/100
eastgenomics/eggd_fastqc#12 ·
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Unknown issueAperta
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 25/100
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bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 78/100
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enhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 84/100
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Shouldn't be using apt-get install but use pre-compiled asset insteadForse di nuovo libera @RSWilson1 l’ha presa 63 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Apertaenhancement
eastgenomics/eggd_sentieon_umi#3 · 1 assegnatario ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 45/100
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Maintain Exomiser Rank filtering in cases without GEL Tiered variantsForse di nuovo libera @chrispyatt l’ha presa 68 giorni fa e non c’è nessuna pull request aperta. Aperta
eastgenomics/eggd_generate_rd_wgs_workbook#46 · 1 assegnatario ·
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
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Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 64/100
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enhancement
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 62/100
eastgenomics/eggd_dias_batch#234 ·
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enhancement
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 58/100
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Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 90/100
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enhancement
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 25/100
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bug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 55/100
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documentation
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 90/100
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
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Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 30/100
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Make plot interactiveApertaenhancement
Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 45/100
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Issue creating workbookApertabug
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 35/100
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Difficoltà 4/5 3-5 giorni Idoneità per principianti 42/100
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Fails to query ticketsAperta
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 48/100
eastgenomics/eggd_conductor_monitor#27 · 1 commento ·
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Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 64/100
eastgenomics/eggd_sompy#16 ·
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Logs are too longAperta
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 86/100
eastgenomics/eggd_conductor#187 ·
I maintainer di solito rispondono entro 11 giorni
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remove apheleiaAperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 55/100
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Convert image to diagramApertadocumentation
Difficoltà 3/5 1-2 giorni Idoneità per principianti 45/100
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Unknown bug to investigateApertaBug
Difficoltà 5/5 Più di una settimana Idoneità per principianti 15/100
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Workflow diagram shows eggd_vcf_normaliser uses output of VCF rescue, should be the other way aroundAperta
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 42/100
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