eastgenomics

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  eastgenomics/eggd_sompy#18 · Abierto el 24/9/2026

• demultiplex_multiqc_files not copied when providing demultiplex_job_id

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  eastgenomics/eggd_conductor#201 · Abierto el 10/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 11 días

• Add --include argument to contamination_screen.py

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  eastgenomics/contamination-screen#24 · Abierto el 9/9/2026

• LYM config has all jobs (except MultiQC) launched as normal priority

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  eastgenomics/eggd_conductor_configs#299 · Abierto el 8/9/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Add support for user-defined VCF search terms

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  eastgenomics/contamination-screen#22 · Abierto el 8/9/2026

• Update README & code.sh

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  eastgenomics/eggd_cgp-amber#6 · Abierto el 4/9/2026

• Remove "dias" from name of HRD config

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  eastgenomics/eggd_conductor_configs#289 · Abierto el 28/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 1 día

• Use apt-get install rather the dpkg

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  eastgenomics/eggd_plot_variant_baf#38 · Abierto el 25/8/2026

• Name bclconvert jobs after run

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  eastgenomics/eggd_conductor#189 · Abierto el 25/8/2026

  Los mantenedores suelen responder en 11 días

• Remove COSMIC annotation as no longer used

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  eastgenomics/eggd_vep_gaea_config#11 · Abierto el 24/8/2026

• Remove space between number and percent sign in report summary

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  eastgenomics/athena#115 · Abierto el 17/8/2026

• Clarify panel + transcript filtering in README

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  eastgenomics/eggd_vep#30 · Abierto el 7/8/2026

• README inconsistent with app state

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  eastgenomics/eggd_fastqc#12 · Abierto el 6/8/2026

• Unknown issue

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  eastgenomics/eggd_generate_solid_cancer_wgs_workbook#81 · Abierto el 5/8/2026

• sample with not variants with refgene annotations

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  eastgenomics/eggd_generate_solid_cancer_wgs_workbook#80 · Abierto el 3/8/2026

• Fix SyntaxWarning: invalid escape sequence in test_columns.py and vcf.py

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  eastgenomics/eggd_generate_variant_workbook#245 · Abierto el 3/8/2026

• Shouldn't be using apt-get install but use pre-compiled asset instead

  Quizá libre de nuevo @RSWilson1 la tomó hace 62 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  eastgenomics/eggd_sentieon_umi#3 · 1 asignado · Abierto el 28/7/2026

• Run unit tests when a PR is opened

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  eastgenomics/eggd_purple_plotter#3 · Abierto el 27/7/2026

• Run unit tests automatically on PRs

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  eastgenomics/eggd_cgp-purple#2 · Abierto el 27/7/2026

• Maintain Exomiser Rank filtering in cases without GEL Tiered variants

  Quizá libre de nuevo @chrispyatt la tomó hace 66 días y no hay ningún pull request abierto. Abierto

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  eastgenomics/eggd_generate_rd_wgs_workbook#46 · 1 asignado · Abierto el 24/7/2026

• Output filenames in readme are not accurate

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  eastgenomics/eggd_sentieon_umi#2 · Abierto el 24/7/2026

• Update QC metrics shown at top of the page

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  eastgenomics/eggd_purple_plotter#2 · Abierto el 21/7/2026

• Before launching CNV calling check requisite number of samples are present

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  eastgenomics/eggd_dias_batch#234 · Abierto el 10/7/2026

• name top level files with the run name

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  eastgenomics/contamination-screen#20 · Abierto el 8/7/2026

• Requirements file does not contain all packages

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  eastgenomics/eggd_conductor_monitor#28 · Abierto el 7/7/2026

• Possible skill for creating DNAnexus apps according to our internal criteria

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  eastgenomics/claude-code-plugins#2 · Abierto el 7/7/2026

• `simulate_test_runs.py` doesn't work

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  eastgenomics/ansible-run-monitoring#48 · Abierto el 7/7/2026

• README variable description is wrong

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  eastgenomics/ansible-run-monitoring#47 · Abierto el 7/7/2026

• change parameter's name from '--min_unique_read' to '--min_total_read' to correctly describe the filter function of the tool on mapped reads

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  eastgenomics/eggd_ctatsplicing#4 · Abierto el 1/7/2026

• Explore removal of internet access

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  eastgenomics/genie_nhs_website#25 · Abierto el 29/6/2026

• Make plot interactive

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  eastgenomics/eggd_plot_variant_baf#34 · Abierto el 25/6/2026

• Issue creating workbook

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  eastgenomics/eggd_generate_solid_cancer_wgs_workbook#79 · Abierto el 22/6/2026

• Add support for scoped tokens

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  eastgenomics/ansible-run-monitoring#46 · Abierto el 22/6/2026

• Fails to query tickets

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  eastgenomics/eggd_conductor_monitor#27 · 1 comentario · Abierto el 19/6/2026

• Wrong exit code introduce in eggd_sompy v1.0.6 which means jobs fail in dnanexus.

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  eastgenomics/eggd_sompy#16 · Abierto el 19/6/2026

• Logs are too long

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  eastgenomics/eggd_conductor#187 · Abierto el 15/6/2026

  Los mantenedores suelen responder en 11 días

• remove apheleia

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  eastgenomics/eggd_gaea_main_workflow#8 · Abierto el 9/6/2026

• Convert image to diagram

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  eastgenomics/eggd_gaea_main_workflow#7 · Abierto el 9/6/2026

• Unknown bug to investigate

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  eastgenomics/sc_wgs_monitoring#39 · Abierto el 9/6/2026

• Workflow diagram shows eggd_vcf_normaliser uses output of VCF rescue, should be the other way around

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  eastgenomics/eggd_TSO500_reports_workflow#44 · Abierto el 8/6/2026

• Make percentage view the default for Insert Size plot

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  eastgenomics/eggd_MultiQC_configs#67 · Abierto el 3/6/2026

• Update linux prefix in test config to match paths

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader_config#4 · Abierto el 29/5/2026

• More informative log message when file ID gathered from metadata but underlying file object does not exist

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#10 · Abierto el 29/5/2026

• Set ignore_all_errors to True so that archived files do not raise error

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#9 · Abierto el 29/5/2026

• Only perform file overwrite check if there are both files to be downloaded and there are files in cwd

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#8 · Abierto el 29/5/2026

• Set root logger threshold to DEBUG so that log level can be defined per handler

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#7 · Abierto el 29/5/2026

• More informative logs when file assocaited with a launched job cannot be found

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#6 · Abierto el 29/5/2026

• Prints "Downloading files..." even when there are no files to be downloaded

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  eastgenomics/eggd_dias_batch_downloader#5 · Abierto el 29/5/2026

• Default DNA Nexus file for --sentieon_tar does not work

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  eastgenomics/eggd_staraligner#13 · Abierto el 22/5/2026

• Fail when files not found for a sample instead of reporting warning

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  eastgenomics/eggd_dias_batch#232 · Abierto el 22/5/2026