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Environment variables lose to datajoint.json for settings missing from ENV_VAR_MAPPING

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@dimitri-yatsenko がすでに取り組んでいます。

2026年10月13日 から。

評価

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説明

settings.py documents environment variables as taking precedence over datajoint.json. _update_from_flat_dict enforces that only for keys listed in ENV_VAR_MAPPING. For any other key, loading datajoint.json overwrites the value read from the environment.

ENV_VAR_MAPPING lists database.* (except use_tls), loglevel, and two display.* keys. For the following settings, the file wins over the environment:

  • jobs.* (DJ_JOBS_*)
  • provenance.* (DJ_PROVENANCE_*)
  • database.use_tls (DJ_USE_TLS)
  • the top-level safemode, query_cache, and download_path (DJ_SAFEMODE, DJ_QUERY_CACHE, DJ_DOWNLOAD_PATH)

Reproduce

On 2.3.4 (settings.py on master is unchanged):

{"safemode": true, "database.use_tls": true, "jobs.keep_completed": false,
 "provenance.capture": false, "database.host": "file-host"}

$ DJ_SAFEMODE=false DJ_USE_TLS=false DJ_JOBS_KEEP_COMPLETED=true \
  DJ_PROVENANCE_CAPTURE=true DJ_HOST=env-host python -c "import datajoint as dj; ..."
database.host        env-host   # mapped: env wins
safemode             True       # file wins
database.use_tls     True       # file wins
jobs.keep_completed  False      # file wins
provenance.capture   False      # file wins

Effect

A deployment cannot use the environment to override a key that the project's datajoint.json sets. For example, one worker cannot turn off safemode or provenance capture for a pipeline whose file sets it.

Fix

Derive the check from the settings models. Remove the hand-kept mapping. A field's environment variable is its validation_alias, or else its group's env_prefix plus the field name. This way a new setting cannot fall outside the precedence rule. Add a parametrized test over every field that reads an environment variable: set the environment variable and the file key to different values, and assert that the environment value wins.

主要言語
Python
スター
197
フォーク
99
平均マージ
1日 11時間
マージ済み PR（30日）
10

環境構築

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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