Exclude Argument in getCandidateCodes Excludes Partial Matches Instead of Exact Terms

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評価

難易度
3/5
見積もり時間
1〜2日
初心者へのやさしさ
35/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
r
領域
data

調査の方向性

getCandidateCodes 関数を見つけ、exclude 引数を使って報告された depression の例を再現してください。除外語がどのように照合されるかを追跡し、その後、"ST depression" のような完全一致の用語によって "depression" だけを含むコードが削除されないように動作を更新してください。両方のケースを示すテストを追加または更新してください。

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

The "exclude" argument in the getCandidateCodes function excludes all codes that contain the specified character vectors. However, I believe it would be more useful if it excluded only the exact words or character sequences specified.

For example, when phenotyping depression, I included codes containing the words "depression" or "depressive" and their descendants. However, some codes such as "ST depression" (referring to ECG changes and not the mental health condition) were also included. When I specified "ST depression" in the exclude argument, all codes containing the word "depression" were excluded, excluding the main codes relevant for the depression phenotype.

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主要言語
R
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フォーク
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環境構築

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