api request: asset blob id to asset/dandiset/version
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評価
調査の方向性
まず、DandiAPIClient が get_dandisets()、get_versions()、get_assets() をどのように公開しているか、また API リクエストがどこで定義されているかを追跡します。提案されている assets/blob/{blob_id}/ エンドポイントを、既存のアセットメタデータのフローと比較します。すべての dandiset をスキャンせずに、blob ID からそのアセットメタデータと、それを含むすべての dandiset およびバージョンが返されれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I need to build a map from asset blob id to dandiset(s). Currently, I am doing this by:
client = DandiAPIClient()
with shelve.open("asset_blob_to_dandiset") as db:
for dandiset in tqdm(list(client.get_dandisets()), position=1):
for version in tqdm(list(dandiset.get_versions()), position=2, leave=False):
dandiset = client.get_dandiset(dandiset_id=dandiset.identifier, version_id=version.identifier)
for asset in tqdm(list(dandiset.get_assets()), position=3, leave=False):
blob_id = asset.zarr if ".zarr" in pathlib.Path(asset.path).suffixes else asset.blob
db[blob_id] = dandiset.identifier
This works, but feels terrible inefficient because I really only need the map for a subset of assets, but since I don't know which dandisets they belong to I am forced to iterate over all of them in order to create a reverse map. It would be great if I could have an endpoint like assets/blob/{blob_id}/ which would return asset metadata. Ideally, this would include the ids of each dandiset that contains this asset and versions within each of those dandisets that contain this asset.
- 主要言語
- Python
- スター
- 29
- フォーク
- 37
- 平均マージ
- 1日 10時間
- マージ済み PR（30日）
- 17
環境構築
このプロジェクトには開発コンテナ、Dockerfile、コントリビューションガイドがありません。まず README を読み、一般的な手順ははじめてのコントリビューションガイドを参照してください。
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
dandi/dandi-cli のほかの issue
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pynwb metadata: get neurodata types再び着手できるかも このイシューのプルリクエストはマージされずにクローズされました。 オープン
難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 65/100
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-
`metadata.nwb.get_metadata()` validates the whole BIDS dataset for every NWB file, then discards the result対応中かも @CodyCBakerPhD が 8 日前に担当しました。 オープンBIDS performance
dandi/dandi-cli#1962 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
-
BIDS bug
難易度 3/5 半日 初心者へのやさしさ 45/100
dandi/dandi-cli#1961 · コメント 4 件 ·
メンテナーはふだん 1 日以内に返信
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難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100
dandi/dandi-cli#1920 · コメント 2 件 ·
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難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 64/100
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