Hacktoberfest 2026:メンテナが10月に向けて印を付けた、オープンで初心者向けの issue。 Hacktoberfest の issue を見る

qsar_ready and ms_ready SMILES inconsistent with the web tool

オープン
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評価

難易度
4/5
見積もり時間
3〜5日
初心者へのやさしさ
30/100
issue の種類
バグ
明瞭さ
おおむね明確
活発さ
停滞
技術スタック
python
領域
api

調査の方向性

Start by comparing the response from the Python interface's chem.search and chem.details calls with the dashboard result for CASRN 50-00-0. Trace which API response supplies qsarReadySmiles and msReadySmiles, then verify that the interface returns C=O for both fields, matching the dashboard output.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

When I try to get the chemical detail for formaldehyde from the Python interface by

formaldehyde = chem.search(by="equals", query="50-00-0")
chem.details(by="dtxcid", query = formaldehyde[0]["dtxcid"])

I get

...,
'qsarReadySmiles': '[14CH2]=O,[2H]C([2H])=O,[2H]C=O,[Al].[C]=O,[Al].C=O,[Cl-].[Cl-].[Ru+4].[CH-]=O.[CH-]=O,C=O,[Li+].C=O,[Na+].C=O,O.[C]=O,O.C=O,O.O.O.O.O.O.[C]=O,[Zn].C=O',
 'msReadySmiles': '[14CH2]=O,[2H]C([2H])=O,[2H]C=O,[3H]C=O,[Al].[C]=O,[Al].C=O,[Ba++].C=O.[O-]C1=CC=CC=C1.[O-]C1=CC=CC=C1,[Br-].[Re+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+],[Ca++].C=O.CC(C)(C)[CH-]C(C)(C)C1=CC=CC=C1[O-],[Ca++].C=O.[O-]S(=O)(=O)C1=CC2=CC=CC=C2C=C1,[Ca++].C=O.[O-]S(=O)(=O)C1=CC=CC2=CC=CC=C12.[O-]S(=O)(=O)C1=CC=CC2=CC=CC=C12,C=C.C=O.CCCCOC(=O)C=C,[Cl-].[Cl-].[Cl-].[Cl-].[Zn++].C=O.N#[N+]C1=CC=C(NC2=CC=CC=C2)C=C1.N#[N+]C1=CC=C(NC2=CC=CC=C2)C=C1,[Cl-].[Cl-].[Cl-].[Zn++].C=O.COC1=C(C=CC(=C1)[N+]#N)N1CCCC1,[Cl-].[Cl-].[Ru+4].[CH-]=O.[CH-]=O,[Cl-].[Cl-].[Zn++].C=O.OS([O-])(=O)=O.COC1=C(C=CC(NC2=CC=CC=C2)=C1)[N+]#N,[Cl-].C=O.COC1=C(C=CC(NC2=CC=CC=C2)=C1)[N+]#N,Cl.C=O.COC1=C(N)C=C(C)C=C1,C=O,C=O.C1CO1.CC(C)(C)CC(C)(C)C1=CC=C(O)C=C1,C=O.C1CO1.CC(C)(C)CC(C)(C)C1=CC=C(O)C=C1.CCCCCCCCCCCCCCCCO.CCCCCCCCCCCCCCCC(=O)OC[C@H](COP([O-])(=O)OCC[N+](C)(C)C)OC(=O)CCCCCCCCCCCCCCC,C=O.C1CO1.CCCCCCCCCC1=CC=C(O)C=C1,C=O.C1COC2=CC=CC=C2OCCOCCOC2=CC=CC=C2OCCO1,C=O.CC1=CCC2CC1C2(C)C,C=O.CC1=CC=CC=C1,C=O.CC1=CC=CC=C1C,C=O.CC1=CC=CC=C1O,C=O.CC1=CC=CC=C1O.OC1=CC(O)=CC=C1,C=O.CC1=CC=C(C=C1)S(N)(=O)=O,C=O.CC1=CC=CC=C1S(N)(=O)=O,C=O.CC1=CC=C(C=C1)S(=O)OCC(O)C1=CC=CC=C1,C=O.CC1=CC(C)=CC=C1,C=O.CC1=CC=C(NN=C2C=CC(=O)C(=O)C=C2)C=C1,C=O.CC1=CC(O)=C(C=C1)S(O)(=O)=O,C=O.CC1=CC(O)=CC(C)=C1,C=O.CCC1=CC=CC=C1N,C=O.CC(C)(C1=CC(Br)=C(OCCO)C(Br)=C1)C1=CC(Br)=C(OCCO)C(Br)=C1,C=O.CC(CC1=NC(=N)NC(=N)N1)CC1=NC(=N)NC(=N)N1,C=O.CCCCC1=CC=CC=C1O,C=O.CC(C)(C)C1=CC(O)=C(O)C=C1,C=O.CC(CCC1=NC(=N)NC(=N)N1)C1=NC(=N)NC(=N)N1,C=O.CCC(C)(C)C1=CC=C(O)C=C1,C=O.CC(C)(C)CC(C)(C)C1=CC=CC=C1O,C=O.CC(C)(C)CC(C)(C)C1=CC=C(O)C=C1,C=O.CCCCCCCCC1=CC=C(O)C=C1,C=O.CCCCCCCCCC1=CC=C(O)C=C1,C=O.CCC(C)=O,C=O.CCCCOC(O)=N,C=O.CCCCO.NC1=NC(N)=NC(N)=N1,C=O.C=CC=O,C=O.CC(C)=O.NC(N)=O.OC1=CC=CC=C1,C=O.CC#N,C=O.CCO,C=O.CC(=O)OC1=CC=CC=C1,C=O.CC(O)=O.OC1=C(C=C(C=C1[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O)[N+]([O-])=O,C=O.COC1=CC2=C(CCNC2)C=C1,C=O.COC1=CC=CC=C1O,[Co].[Co++].[CH-]=O.[C-]#[O+].[C-]#[O+].[C-]#[O+].[C-]#[O+].[C-]#[O+].[C-]#[O+].O=C1O[CH-]C=C1,CO.C=O.NC(N)=O.OCC(CO)(CO)CO,CO.C=O.OC1=CC=CC=C1,C=O.CO[Si](CCCNCCN)(OC)OC,C[OH2+].Cl[Cu+].Cl[Cu+].[NH-]CCC([OH2+])CC[NH-],C=O.NC1=CC=C(O)C(=O)C=C1,C=O.N=C1NC(=N)NC(=N)N1,C=O.NCCNCCN,C=O.NCCN.OC1=CC=CC=C1,C=O.NC(CO)(CO)CO,C=O.NC(N)=O.OC1=CC=C(C=C1)S(O)(=O)=O,C=O.NC(N)=O.OC1=CC=CO1,C=O.NC(=O)C=C.C1COCCN1,C=O.NC(O)=N,C=O.NC(S)=N,C=O.N#[N+]C1=CC=C(NC2=CC=CC=C2)C=C1.COC1=C(C=C(C(=O)C2=CC=CC=C2)C([O-])=C1)S(O)(=O)=O,C=O.OB(O)OC1=CC=CC=C1,C=O.OC1=CC=CC2=CC=CC=C12,C=O.O=C1CCCCC1,C=O.OC1=CC=C(C=C1)[As](O)(O)=O,C=O.O(C1=CC=CC=C1)C1=CC=CC=C1,C=O.OC1=CC=CC=C1.OC1=CC2=C(C=C1)C=CC(O)=C2,C=O.OC1=CC=CC=C1S(=O)(=O)C1=CC=CC=C1O,C=O.OC1=CC=CC=C1S(O)(=O)=O,C=O.OC1=CC=CC=CC1=O,C=O.OC1=CC=C(Cl)C=C1.CC1(C)C2CCC1(C)C(=O)C2,C=O.OC1=CC=C(O)C=C1,C=O.OC1=CC(=C(O)C=C1)S(O)(=O)=O,C=O.OC1=CC(O)=CC=C1,C=O.OC1=NC2N=C(O)NC2N1,C=O.OC1=NCOCN1,C=O.OC=C,C=O.OCC1=CC=CC=C1,C=O.OS([O-])(=O)=O.CCOC1=CC(SC2=CC=C(C)C=C2)=C(OCC)C=C1[N+]#N,C=O.OS([O-])(=O)=O.N#[N+]C1=CC=C(NC2=CC=CC=C2)C=C1,[Fe+3].[CH-]=O.C[C-]=O.[CH-]1C=CC=C1.C1=CC=C(C=C1)P(C1=CC=CC=C1)C1=CC=CC=C1,[K+].C=O.[O-]C1=CC=CC=C1,[Li+].C=O,[Mo].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C1C2[C-]=[C-]C1[C-]=[C-]2,[Na+].C=O,[Na+].C=O.CC1=CC2=C(C=C1C)C(=CC=C2)S([O-])(=O)=O,[Na+].C=O.CC1=C(C)C(=CC=C1)S([O-])(=O)=O,[Na+].C=O.CC([CH2-])=O,[Na+].C=O.NC(N)=O.OC1=CC=CC=C1S([O-])(=O)=O,[Na+].C=O.NC(N)=O.OS([O-])=O,[Na+].C=O.[O-]C1=CC=CC=C1,[Na+].C=O.[O-]S(=O)(=O)C1=CC=CC2=CC=CC=C12,[Na+].C=O.OS([O-])=O.OC1=CC=C(C=C1)S(=O)(=O)C1=CC=C(O)C=C1,[Na+].[Na+].C=O.[O-]S(=O)(=O)C1=C(C2=CC=CC=C2C=C1)S([O-])(=O)=O,N.Cl.C=O.NC(=N)NC#N,N.C=O.CC1=CC=CC=C1O,N.C=O.CCCl,N.C=O.NC(=N)NC#N,N.C=O.NC(O)=N,N.C=O.OC(=O)COC1=CC=C(O)C=C1,N.N.C=O.OS(=O)(=O)C1=C(C2=CC=CC=C2C=C1)S(O)(=O)=O,NO.[C]=O,N.O.O.C=O.CCCC(O)=O.CC1=CC=CC=C1,O.[C]=O,O.C=O,[OH-].[Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[Na+].[Cu++].C=O.[O-]S([O-])(=O)=O.[O-]C(=O)CN(CCN(CC([O-])=O)CC([O-])=O)CC([O-])=O,OO.C=O,O.O.O.O.O.O.[C]=O,[Re][Re].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+].C#[O+],[Rh+3].C=O.C1CCCC1.C1=CC=C(C=C1)[PH+](C1=CC=CC=C1)C1=CC=CC=C1,[Zn].C=O',
 ...

The dashboard, however, gives me the right result:

INPUT,FOUND_BY,DTXSID,PREFERRED_NAME,SMILES,MS_READY_SMILES,QSAR_READY_SMILES,MS_READY_MASS,MS_READY_FORMULAE
50-00-0,CASRN,DTXSID7020637,Formaldehyde,C=O,C=O,C=O,30.026,CH2O

It must have something to do with the API and not necessarily with the Python interface. I will open an issue there too.

主要言語
Python
スター
20
フォーク
7
PR マージ指標
30日以内にマージされた PR はありません

環境構築

はじめの一歩

  1. issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
  2. 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
  3. リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
  4. issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。

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