RosettaCommons/foundry

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• [BUG] RFD3 and RF3 hydra configs path search doesn't match distribution

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 85/100

  RosettaCommons/foundry#403 · 2026年10月14日 に作成

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• [QUEST]Consistency between RFOptimization and gradient-based optimization

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 20/100

  RosettaCommons/foundry#398 · 2026年10月11日 に作成

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• [BUG] Contiguous input fragments are broken apart during unindexed motif scaffolding

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 45/100

  RosettaCommons/foundry#395 · コメント 1 件 · 2026年10月7日 に作成

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• [FEAT]Add githash in output files for all models

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#386 · 2026年9月30日 に作成

  メンテナーはふだん 1 日以内に返信

• RF3 training cutoff uses PDB deposition date — implications for temporal benchmark leakage

  再び着手できるかも @r-krishna が 29 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#381 · 担当者 2 名 · 2026年9月18日 に作成

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• [Bug] RF3 validation step in end-to-end notebook uses undesigned RFD3 backbone instead of MPNN-designed structure, causing abnormally high RMSD

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 78/100

  RosettaCommons/foundry#380 · 2026年9月10日 に作成

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• [BUG] Hydrogen Bond Metrics Not Getting Calculated

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  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 76/100

  RosettaCommons/foundry#374 · 2026年8月14日 に作成

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• [BUG] RFdiffusion3 not respecting positions of fixed atoms in unindexed residues

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#372 · コメント 1 件 · 2026年8月12日 に作成

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• sheet_fraction and helix_fraction

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#370 · コメント 2 件 · 2026年7月30日 に作成

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• [QUEST] Inpainting residues with RFD3 only gives glycines

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#366 · コメント 4 件 · 2026年7月22日 に作成

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• [Bug]`int()` parsing failure when component contains `P` suffix during RFD3 input parsing

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 74/100

  RosettaCommons/foundry#362 · 2026年7月8日 に作成

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• [QUEST]multiple GPUs

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#336 · コメント 6 件 · 2026年6月30日 に作成

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• [BUG] Denoised and noisy trajectories are accidentally swapped during reshaping in inference engine

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 110 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#335 · 担当者 1 名 · 2026年6月29日 に作成

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• [BUG] RFD3 unindexed motif loss uses an atom-level mask as a token-level mask

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 116 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#330 · 担当者 2 名 · 2026年6月22日 に作成

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• sugar chains

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 30/100

  RosettaCommons/foundry#328 · コメント 2 件 · 2026年6月21日 に作成

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• [QUEST]

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#291 · コメント 3 件 · 2026年6月2日 に作成

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• Strategies for retaining the hydrogen-bond donor/acceptor architecture defined in the RFD3 active-site model during LigandMPNN sequence optimization

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  難易度 5/5 1週間以上 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#289 · コメント 1 件 · 2026年6月2日 に作成

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• Ambiguous inter-chain attention indices definition

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 151 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#280 · 担当者 1 名 · 2026年5月16日 に作成

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• [BUG] RFD3 symmetry fails for odd dihedral groups D3/D5

  再び着手できるかも @aimura09 が 152 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#278 · 担当者 1 名 · 2026年5月13日 に作成

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• [BUG] RFD3 is missing training data artifacts

  再び着手できるかも @r-krishna が 163 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#276 · 担当者 1 名 · 2026年5月8日 に作成

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• Diffusion of unindexed fixed residues islands with unindexed unfixed island

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 48/100

  RosettaCommons/foundry#274 · コメント 3 件 · 2026年5月4日 に作成

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• Missing ligand at zero occupancy

  再び着手できるかも @rclune が 180 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#271 · 担当者 1 名 · 2026年4月20日 に作成

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• [BUG]

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#266 · 2026年4月7日 に作成

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• [QUEST] Glycans as target

  再び着手できるかも @Ubiquinone-dot が 194 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#255 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年3月31日 に作成

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• [BUG] Unphysical sidechain rotamers generated for His, Lys, and more

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 38/100

  RosettaCommons/foundry#251 · コメント 1 件 · 2026年3月25日 に作成

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• Readme contains CLI commands for a version >v0.1.10

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  難易度 2/5 1〜3時間 初心者へのやさしさ 57/100

  RosettaCommons/foundry#249 · 2026年3月24日 に作成

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• Partial diffusion returning the input molecule without modifications

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#247 · コメント 2 件 · 2026年3月23日 に作成

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• [QUEST] Fixing one chain for redesign with RFD3 + LigandMPNN

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 42/100

  RosettaCommons/foundry#246 · 2026年3月23日 に作成

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• [BUG] Residue and/or chain IDs not matching when using select_fixed_atoms constraint

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#241 · 2026年3月12日 に作成

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• [BUG] Runtime TRITON error with RF3 on Collab T4 GPU

  オープン

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  RosettaCommons/foundry#240 · コメント 1 件 · 2026年3月12日 に作成

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• Pure CPU computation?

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#237 · 2026年3月9日 に作成

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• Running RFD3 - network_input (X_noisy_L) for example_id ?

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  question RFdiffusion3

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 35/100

  RosettaCommons/foundry#225 · コメント 5 件 · 2026年2月23日 に作成

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• Question: Variable usage in RF3 Validation block (mpnn_outputs vs atom_array)?

  再び着手できるかも @nscorley が 240 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  RosettaCommons/foundry#224 · コメント 1 件 · 担当者 1 名 · 2026年2月19日 に作成

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• Virtual atoms remain superimposed on C-alpha

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  bug RFdiffusion3

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 30/100

  RosettaCommons/foundry#217 · コメント 1 件 · 2026年2月17日 に作成

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• RF3 error ConvertTritonGPUToLLVM

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  RosettaCommons/foundry#214 · コメント 5 件 · 2026年2月16日 に作成

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• Issue with RF3 output

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  question RosettaFold3

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#211 · 2026年2月13日 に作成

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• issue with mpnn and RF3

  オープン

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 20/100

  RosettaCommons/foundry#208 · 2026年2月12日 に作成

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• Small molecule binder design

  オープン

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  RosettaCommons/foundry#201 · コメント 3 件 · 2026年2月5日 に作成

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• docking

  オープン

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  RosettaCommons/foundry#199 · 2026年2月4日 に作成

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• the final RMSD is very high

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  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 28/100

  RosettaCommons/foundry#196 · コメント 1 件 · 2026年2月3日 に作成

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• hotspots choosing

  オープン

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  RosettaCommons/foundry#192 · 2026年1月31日 に作成

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• error when running rf

  オープン

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  RosettaFold3

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  RosettaCommons/foundry#191 · コメント 4 件 · 2026年1月30日 に作成

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• input.json creation for antibody design problem (Please help me)

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  question RFdiffusion3

  難易度 3/5 1〜2日 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#190 · コメント 1 件 · 2026年1月30日 に作成

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• Low scoring

  オープン

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  bug MPNN

  難易度 4/5 3〜5日 初心者へのやさしさ 25/100

  RosettaCommons/foundry#189 · コメント 2 件 · 2026年1月29日 に作成

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• Clarification running ipd_design_pipeline_collab notebook

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  RosettaCommons/foundry#188 · コメント 1 件 · 2026年1月28日 に作成

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• Does a high RMSD value imply an unsuccessful design?#question

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  question RFdiffusion3

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  RosettaCommons/foundry#186 · コメント 2 件 · 2026年1月26日 に作成

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• partial diffusion is not suitable for protein binder design

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  question RFdiffusion3

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  RosettaCommons/foundry#185 · コメント 4 件 · 2026年1月26日 に作成

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• [BUG] function get_sparse_attention_indices_with_inter_chain in RFD3

  オープン

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  bug RFdiffusion3

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  RosettaCommons/foundry#176 · 2026年1月21日 に作成

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• Inference failed missing .project-root and inference scripts dont exist

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  RosettaCommons/foundry#165 · コメント 5 件 · 2026年1月14日 に作成

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• Feature request: interface distance restraints for RF3

  再び着手できるかも @nscorley が 172 日前に担当しましたが、オープン中のプルリクエストはありません。 オープン

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  enhancement RosettaFold3

  RosettaCommons/foundry#160 · コメント 7 件 · リアクション 2 件 · 担当者 1 名 · 2026年1月8日 に作成

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