RosettaCommons/foundry

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Central repository for biomolecular foundation models with shared trainers and pipeline components

Ist RosettaCommons/foundry einsteigerfreundlich?

Die Maintainer von RosettaCommons/foundry antworten auf einen Pull Request meist binnen 1 Tag. Derzeit sind 4 einsteigerfreundliche Issues offen.

Sterne
1k
Forks
202
Offene Anfänger-Issues
4
Indexierte Issues
88
Ø Merge
3 T. 14 Std.
Gemergte PRs (30 T.)
10
Vorherrschende Sprache
Python
Lizenz
Keine Lizenzdaten
Letzter GitHub-Push
16.10.2026
Zuletzt indexiert
20.9.2026
Beitragsleitfaden
Kein Verhaltenskodex
Anfänger-Labels
good first issue help wanted

So tragen Sie zu RosettaCommons/foundry bei

  1. Lesen Sie zuerst den Contributing Guide: Er beschreibt, wie die Maintainer Änderungen vorgeschlagen, getestet und geprüft haben möchten.
  2. Wählen Sie eines der 4 offenen einsteigerfreundlichen Issues unten und schreiben Sie vor dem Start einen Kommentar, dass Sie es übernehmen möchten.
Einsteigerfreundlich Alles
Offen Alle

Issues, an denen vielleicht schon jemand arbeitet, stehen am Ende. Alles nach Datum anzeigen

  • [QUEST] Motif Scaffolding
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#414 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Atomworks 3.0.4 inconsistency with RFD3 pipelines.py
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 82/100

    RosettaCommons/foundry#413 · 2 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST] How to produce .a3m files for 'rf3 fold'?
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 48/100

    RosettaCommons/foundry#412 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST][BUG] 'rf3 fold' produces blobby, non-physiological, and corrupted protein models
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

    RosettaCommons/foundry#411 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST] Benchmark of 'rf3 fold' for monomer proteins is missing
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#410 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] RFD3 and RF3 hydra configs path search doesn't match distribution
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 85/100

    RosettaCommons/foundry#403 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST]Consistency between RFOptimization and gradient-based optimization
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

    RosettaCommons/foundry#398 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Contiguous input fragments are broken apart during unindexed motif scaffolding
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 45/100

    RosettaCommons/foundry#395 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [FEAT]Add githash in output files for all models
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    enhancement

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

    RosettaCommons/foundry#386 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • MAX_TRANSFORMS symmetry variable capped at 10
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    RosettaCommons/foundry#382 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • RF3 training cutoff uses PDB deposition date — implications for temporal benchmark leakage
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    RosettaCommons/foundry#381 · 2 zugewiesene Personen ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [Bug] RF3 validation step in end-to-end notebook uses undesigned RFD3 backbone instead of MPNN-designed structure, causing abnormally high RMSD
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 78/100

    RosettaCommons/foundry#380 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Hydrogen Bond Metrics Not Getting Calculated
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 76/100

    RosettaCommons/foundry#374 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] RFdiffusion3 not respecting positions of fixed atoms in unindexed residues
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

    RosettaCommons/foundry#372 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • sheet_fraction and helix_fraction
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#370 · 2 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST] Inpainting residues with RFD3 only gives glycines
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#366 · 4 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [Bug]`int()` parsing failure when component contains `P` suffix during RFD3 input parsing
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 74/100

    RosettaCommons/foundry#362 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST]multiple GPUs
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#336 · 6 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Denoised and noisy trajectories are accidentally swapped during reshaping in inference engine
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    RosettaCommons/foundry#335 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] RFD3 unindexed motif loss uses an atom-level mask as a token-level mask
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    RosettaCommons/foundry#330 · 2 zugewiesene Personen ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • sugar chains
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 30/100

    RosettaCommons/foundry#328 · 2 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST]
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#291 · 3 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Strategies for retaining the hydrogen-bond donor/acceptor architecture defined in the RFD3 active-site model during LigandMPNN sequence optimization
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#289 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Ambiguous inter-chain attention indices definition
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    RosettaCommons/foundry#280 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] RFD3 symmetry fails for odd dihedral groups D3/D5
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    RosettaCommons/foundry#278 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] RFD3 is missing training data artifacts
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    RosettaCommons/foundry#276 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Diffusion of unindexed fixed residues islands with unindexed unfixed island
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    enhancement

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 48/100

    RosettaCommons/foundry#274 · 3 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Missing ligand at zero occupancy
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    RosettaCommons/foundry#271 · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG]
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#266 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST] Glycans as target
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    RosettaCommons/foundry#255 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Unphysical sidechain rotamers generated for His, Lys, and more
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

    RosettaCommons/foundry#251 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Readme contains CLI commands for a version >v0.1.10
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    Schwierigkeit 2/5 1-3 Stunden Anfängerfreundlichkeit 57/100

    RosettaCommons/foundry#249 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Partial diffusion returning the input molecule without modifications
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#247 · 2 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [QUEST] Fixing one chain for redesign with RFD3 + LigandMPNN
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 42/100

    RosettaCommons/foundry#246 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Residue and/or chain IDs not matching when using select_fixed_atoms constraint
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#241 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • [BUG] Runtime TRITON error with RF3 on Collab T4 GPU
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 38/100

    RosettaCommons/foundry#240 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Pure CPU computation?
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    enhancement

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#237 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Running RFD3 - network_input (X_noisy_L) for example_id ?
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question RFdiffusion3

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 35/100

    RosettaCommons/foundry#225 · 5 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Question: Variable usage in RF3 Validation block (mpnn_outputs vs atom_array)?
    Evtl. wieder frei Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    RosettaCommons/foundry#224 · 1 Kommentar · 1 zugewiesene Person ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Virtual atoms remain superimposed on C-alpha
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug RFdiffusion3

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

    RosettaCommons/foundry#217 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • RF3 error ConvertTritonGPUToLLVM
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 30/100

    RosettaCommons/foundry#214 · 5 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Issue with RF3 output
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question RosettaFold3

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#211 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • issue with mpnn and RF3
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 20/100

    RosettaCommons/foundry#208 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Small molecule binder design
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#201 · 3 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • docking
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 20/100

    RosettaCommons/foundry#199 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • the final RMSD is very high
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 28/100

    RosettaCommons/foundry#196 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • hotspots choosing
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question RFdiffusion3

    Schwierigkeit 5/5 Über eine Woche Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#192 ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • error when running rf
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    RosettaFold3

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#191 · 4 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • input.json creation for antibody design problem (Please help me)
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    question RFdiffusion3

    Schwierigkeit 3/5 1-2 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#190 · 1 Kommentar ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

  • Low scoring
    Offen
    • Stimmt etwas nicht?
    bug MPNN

    Schwierigkeit 4/5 3-5 Tage Anfängerfreundlichkeit 25/100

    RosettaCommons/foundry#189 · 2 Kommentare ·

    Maintainer antworten meist innerhalb von 1 Tag

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