ROBUSTNESS: Detect when forked process terminates
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評価
- 難易度
- 4/5
- 見積もり時間
- 3〜5日
- 初心者へのやさしさ
- 35/100
- issue の種類
- バグ
- 明瞭さ
- おおむね明確
- 活発さ
- 停滞
- 技術スタック
- r
調査の方向性
Start with the MulticoreParam/bplapply execution path and the parallel::mccollect warning shown in the example. Reproduce the forked worker termination case, then trace how a missing result reaches result[[njob]]. Done means the failure is detected and reported with an informative error instead of the current indexing error.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Related to Issue #111, I'd like to suggest that you add a layer that detects when a forked process dies, which results in no results for parallel::mccollect(), and give an informative error message.
Example of the problem:
> library(BiocParallel)
> bplapply(1:2, FUN = function(x) quit("no"), BPPARAM = MulticoreParam(2L))
Error in result[[njob]] <- value :
attempt to select less than one element in OneIndex
2: In parallel::mccollect(wait = FALSE, timeout = 1) :
1 parallel job did not deliver a result
I do this in the future framework, where you get an error like:
> library(future)
> plan(multicore)
> f <- future(quit("no"))
> value(f)
Error: Failed to retrieve the result of MulticoreFuture (<none>) from the forked worker (on localhost; PID 17097). Post-mortem diagnostic: No process exists with this PID, i.e. the forked localhost worker is no longer alive.
In addition: Warning message:
In mccollect(jobs = jobs, wait = TRUE) :
1 parallel job did not deliver a result
- 主要言語
- R
- スター
- 69
- フォーク
- 32
- PR マージ指標
- 30日以内にマージされた PR はありません
コントリビューションガイド
このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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