ROBUSTNESS: Detect when forked process terminates
Chưa có ai nhận issue này.
Đánh giá
- Độ khó
- 4/5
- Thời gian dự kiến
- 3-5 ngày
- Mức phù hợp với người mới
- 35/100
- Loại issue
- Lỗi
- Độ rõ ràng
- Khá rõ ràng
- Mức độ hoạt động
- Đình trệ
- Công nghệ
- r
- Lĩnh vực
- distributed-systems
Hướng nghiên cứu
Start with the MulticoreParam/bplapply execution path and the parallel::mccollect warning shown in the example. Reproduce the forked worker termination case, then trace how a missing result reaches result[[njob]]. Done means the failure is detected and reported with an informative error instead of the current indexing error.
Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.
Mô tả
Related to Issue #111, I'd like to suggest that you add a layer that detects when a forked process dies, which results in no results for parallel::mccollect(), and give an informative error message.
Example of the problem:
> library(BiocParallel)
> bplapply(1:2, FUN = function(x) quit("no"), BPPARAM = MulticoreParam(2L))
Error in result[[njob]] <- value :
attempt to select less than one element in OneIndex
2: In parallel::mccollect(wait = FALSE, timeout = 1) :
1 parallel job did not deliver a result
I do this in the future framework, where you get an error like:
> library(future)
> plan(multicore)
> f <- future(quit("no"))
> value(f)
Error: Failed to retrieve the result of MulticoreFuture (<none>) from the forked worker (on localhost; PID 17097). Post-mortem diagnostic: No process exists with this PID, i.e. the forked localhost worker is no longer alive.
In addition: Warning message:
In mccollect(jobs = jobs, wait = TRUE) :
1 parallel job did not deliver a result
- Ngôn ngữ chính
- R
- Star
- 69
- Fork
- 32
- Chỉ số merge pull request
- Không có pull request nào được merge trong 30 ngày
Hướng dẫn đóng góp
Chưa lập chỉ mục được hướng dẫn đóng góp cho kho mã nguồn này
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của Bioconductor/BiocParallel
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 65/100
Bioconductor/BiocParallel#286 · 1 bình luận ·
-
Độ khó 3/5 1-2 ngày Mức phù hợp với người mới 50/100
Bioconductor/BiocParallel#285 ·
-
Bioconductor/BiocParallel#284 · 2 bình luận · 1 người được giao ·
-
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 25/100
Bioconductor/BiocParallel#283 · 2 bình luận ·
-
DoparParam: Captured stdout is relayed to stdout for some foreach adapters and stderr for others Đang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
Bioconductor/BiocParallel#277 ·
Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel
Issue tương tự
-
rules
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 92/100
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 78/100
The-Strategy-Unit/nhp_reskit#229 ·
-
Affects Web App documentation PRIORITY LOW
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
-
Độ khó 1/5 Dưới một giờ Mức phù hợp với người mới 80/100
hubverse-org/hubCI#36 ·