BatchtoolsParam and bpiterate: registry not empty error

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#107 2019年12月10日に作成コメント 0 件リアクション 1 件担当者 0 名 GitHub で見る

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評価

難易度: 4/5
見積もり時間: 3〜5日
初心者へのやさしさ: 35/100

issue の種類: バグ
明瞭さ: おおむね明確
活発さ: 停滞
技術スタック: r
領域: backend, distributed-systems

調査の方向性

Reproduce the commands using BatchtoolsParam, register(), bpstart(), and the repeated matrix operation shown in the report. Trace how the batchtools registry is managed across calls when the backend is started in advance. Done means repeated operations no longer fail with “Registry must be empty” without requiring bpstop() between calls.

索引モデルが issue の本文から書いたものです。

説明

Behold this innocuous series of commands:

library(BiocParallel)

bpp2 <- BatchtoolsParam(10, cluster = "slurm",
    resources = list(walltime = 3600, memory = 8000, ncpus = 1))

library(HCAData)
sce.bone <- HCAData('ica_bone_marrow')

register(bpp2)
bpstart(bpp2)
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone)) # Okay
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone))
## Error in batchtools::batchMap(fun = FUN, fl, more.args = list(...), reg = BPPARAM$registry) :
##   Registry must be empty

I assume some required clean-up after the first call is not taking place when I start the backend in advance. Stopping it and running it the second time works fine:

bpstop(bpp2)
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone)) # okay again.

Session info

R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS:   /gstore/apps/R/R_3.6.1_Bioc_3.10/R-3.6.1-Bioc-3.10-tst-20191103/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /gstore/apps/R/R_3.6.1_Bioc_3.10/R-3.6.1-Bioc-3.10-tst-20191103/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets
[8] methods   base

other attached packages:
 [1] HCAData_1.2.0               SingleCellExperiment_1.8.0
 [3] SummarizedExperiment_1.16.0 DelayedArray_0.12.0
 [5] matrixStats_0.55.0          Biobase_2.46.0
 [7] GenomicRanges_1.38.0        GenomeInfoDb_1.22.0
 [9] IRanges_2.20.1              S4Vectors_0.24.1
[11] BiocGenerics_0.32.0         BiocParallel_1.20.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tidyselect_0.2.5              HDF5Array_1.14.1
 [3] BiocVersion_3.10.1            purrr_0.3.3
 [5] rhdf5_2.30.1                  lattice_0.20-38
 [7] vctrs_0.2.0                   htmltools_0.4.0
 [9] BiocFileCache_1.10.2          yaml_2.2.0
[11] interactiveDisplayBase_1.24.0 blob_1.2.0
[13] rlang_0.4.2                   pillar_1.4.2
[15] later_1.0.0                   glue_1.3.1
[17] DBI_1.0.0                     rappdirs_0.3.1
[19] bit64_0.9-7                   dbplyr_1.4.2
[21] GenomeInfoDbData_1.2.2        zlibbioc_1.32.0
[23] ExperimentHub_1.12.0          memoise_1.1.0
[25] fastmap_1.0.1                 httpuv_1.5.2
[27] curl_4.3                      AnnotationDbi_1.48.0
[29] Rcpp_1.0.3                    xtable_1.8-4
[31] backports_1.1.5               promises_1.1.0
[33] BiocManager_1.30.10           XVector_0.26.0
[35] mime_0.7                      bit_1.1-14
[37] AnnotationHub_2.18.0          digest_0.6.23
[39] dplyr_0.8.3                   shiny_1.4.0
[41] grid_3.6.1                    tools_3.6.1
[43] bitops_1.0-6                  magrittr_1.5
[45] RCurl_1.95-4.12               tibble_2.1.3
[47] RSQLite_2.1.4                 crayon_1.3.4
[49] pkgconfig_2.0.3               zeallot_0.1.0
[51] Matrix_1.2-18                 assertthat_0.2.1
[53] httr_1.4.1                    Rhdf5lib_1.8.0
[55] R6_2.4.1                      compiler_3.6.1

主要言語: R
スター: 69
フォーク: 32
PR マージ指標: 30日以内にマージされた PR はありません

コントリビューションガイド

このリポジトリのコントリビューションガイドは索引されていません

はじめの一歩

issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
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