Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

BatchtoolsParam and bpiterate: registry not empty error

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#107 0 bình luận 1 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
4/5
Thời gian dự kiến
3-5 ngày
Mức phù hợp với người mới
35/100
Loại issue
Lỗi
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Đình trệ
Công nghệ
r
Lĩnh vực
backend, distributed-systems

Hướng nghiên cứu

Reproduce the commands using BatchtoolsParam, register(), bpstart(), and the repeated matrix operation shown in the report. Trace how the batchtools registry is managed across calls when the backend is started in advance. Done means repeated operations no longer fail with “Registry must be empty” without requiring bpstop() between calls.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

Behold this innocuous series of commands:

library(BiocParallel)

bpp2 <- BatchtoolsParam(10, cluster = "slurm",
    resources = list(walltime = 3600, memory = 8000, ncpus = 1))

library(HCAData)
sce.bone <- HCAData('ica_bone_marrow')

register(bpp2)
bpstart(bpp2)
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone)) # Okay
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone))
## Error in batchtools::batchMap(fun = FUN, fl, more.args = list(...), reg = BPPARAM$registry) :
##   Registry must be empty

I assume some required clean-up after the first call is not taking place when I start the backend in advance. Stopping it and running it the second time works fine:

bpstop(bpp2)
out <- counts(sce.bone) %*% runif(ncol(sce.bone)) # okay again.
Session info 
R version 3.6.1 (2019-07-05)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit)
Running under: CentOS Linux 7 (Core)

Matrix products: default
BLAS:   /gstore/apps/R/R_3.6.1_Bioc_3.10/R-3.6.1-Bioc-3.10-tst-20191103/lib64/R/lib/libRblas.so
LAPACK: /gstore/apps/R/R_3.6.1_Bioc_3.10/R-3.6.1-Bioc-3.10-tst-20191103/lib64/R/lib/libRlapack.so

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8       LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8        LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8    LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8       LC_NAME=C
 [9] LC_ADDRESS=C               LC_TELEPHONE=C
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C

attached base packages:
[1] parallel  stats4    stats     graphics  grDevices utils     datasets
[8] methods   base

other attached packages:
 [1] HCAData_1.2.0               SingleCellExperiment_1.8.0
 [3] SummarizedExperiment_1.16.0 DelayedArray_0.12.0
 [5] matrixStats_0.55.0          Biobase_2.46.0
 [7] GenomicRanges_1.38.0        GenomeInfoDb_1.22.0
 [9] IRanges_2.20.1              S4Vectors_0.24.1
[11] BiocGenerics_0.32.0         BiocParallel_1.20.0

loaded via a namespace (and not attached):
 [1] tidyselect_0.2.5              HDF5Array_1.14.1
 [3] BiocVersion_3.10.1            purrr_0.3.3
 [5] rhdf5_2.30.1                  lattice_0.20-38
 [7] vctrs_0.2.0                   htmltools_0.4.0
 [9] BiocFileCache_1.10.2          yaml_2.2.0
[11] interactiveDisplayBase_1.24.0 blob_1.2.0
[13] rlang_0.4.2                   pillar_1.4.2
[15] later_1.0.0                   glue_1.3.1
[17] DBI_1.0.0                     rappdirs_0.3.1
[19] bit64_0.9-7                   dbplyr_1.4.2
[21] GenomeInfoDbData_1.2.2        zlibbioc_1.32.0
[23] ExperimentHub_1.12.0          memoise_1.1.0
[25] fastmap_1.0.1                 httpuv_1.5.2
[27] curl_4.3                      AnnotationDbi_1.48.0
[29] Rcpp_1.0.3                    xtable_1.8-4
[31] backports_1.1.5               promises_1.1.0
[33] BiocManager_1.30.10           XVector_0.26.0
[35] mime_0.7                      bit_1.1-14
[37] AnnotationHub_2.18.0          digest_0.6.23
[39] dplyr_0.8.3                   shiny_1.4.0
[41] grid_3.6.1                    tools_3.6.1
[43] bitops_1.0-6                  magrittr_1.5
[45] RCurl_1.95-4.12               tibble_2.1.3
[47] RSQLite_2.1.4                 crayon_1.3.4
[49] pkgconfig_2.0.3               zeallot_0.1.0
[51] Matrix_1.2-18                 assertthat_0.2.1
[53] httr_1.4.1                    Rhdf5lib_1.8.0
[55] R6_2.4.1                      compiler_3.6.1
Ngôn ngữ chính
R
Star
69
Fork
32
Không có pull request nào được merge trong 30 ngày

Chuẩn bị môi trường

Dự án này không cung cấp dev container, Dockerfile hay hướng dẫn đóng góp, nên bạn cần tự thiết lập môi trường: hãy bắt đầu từ README và xem hướng dẫn đóng góp lần đầu của chúng tôi để biết các bước chung.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của Bioconductor/BiocParallel

Tất cả issue của Bioconductor/BiocParallel

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.