CLI reports.h5: sedmlDataSetShapes per job, and Y curves labelled ::X
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評価
調査の方向性
Start in vcell-cli/src/main/java/org/vcell/cli/run/results/NonSpatialResultsConverter.java around line 170, where one shapes list is shared across data sets and each job's flat size is appended. Then check the label format strings in ResultsConverter.java at lines 84 and 93, and the comment above add2DPlotsAsReports in prepareNonSpatialDataForHdf5. Done means one comma-joined shape per data set, curve data sets labelled without the ::X suffix, and the comment matching the BioSimulators-mode condition. Confirm the output still matches the legacy writer's expected reports.h5 on the UnifiedDataModel branch, since the issue asks for both changes to be deliberate.
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
Summary
Two places where the CLI's reports.h5 deviates from the BioSimulators conventions. Both are intentionally reproduced, for now, by the new data system on the UnifiedDataModel branch so its output can be checked byte-for-byte against the legacy writer. Fix them deliberately, in both places.
1. sedmlDataSetShapes has one entry per data set per job. NonSpatialResultsConverter.java:170 shares one shapes list across all data sets and appends each job's flat size to it. A 3-data-set report over a 3-value scan gets 9 entries such as "21", where the convention is one comma-joined shape per data set.
2. Plots reported as reports label every curve data set <plot>.<curve>::X. That includes the Y data generators: ResultsConverter.java:84 and line 93 use the same format string.
Related, minor: the comment above add2DPlotsAsReports in prepareNonSpatialDataForHdf5 says plots are added when not in BioSimulators mode, but the code adds them only in BioSimulators mode.
- 主要言語
- Java
- スター
- 140
- フォーク
- 35
- 平均マージ
- 11時間 28分
- マージ済み PR（30日）
- 19
環境構築
- Dockerfile または Docker Compose ファイルあり
- プルリクエストのテンプレートなし
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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