Avoid R’s 2 GB string limit in read_cmdstan_csv()
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Valutazione
- Difficoltà
- 4/5
- Tempo stimato
- 3-5 giorni
- Idoneità per principianti
- 35/100
Direzione di ricerca
Partire da read_cmdstan_csv(), in particolare dalla chiamata data.table::fread(cmd=...) indicata nell’errore, e riprodurre il problema con generated quantities contenenti predizioni out-of-sample. Tracciare il modo in cui vengono letti i diagnostici del sampler e determinare quale gestione supportata o quale workaround sia necessario per output che superano il limite delle stringhe di R; il lavoro è completato quando il caso segnalato non fallisce più oppure esiste un workaround documentato.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
I am running a model with some out of sample predictions in generated quantities.
When I sample from the model without the out of sample predictions, everything is fine and runs as expected.
When I include the predictions, I get the following error:
Error in data.table::fread(cmd = fread_cmd, select = sampler_diagnostics, :
R character strings are limited to 2^31-1 bytes
Am I correct that this suggests a very long string is being generated somewhere? Is it possible to work around?
- Lingua principale
- R
- Stelle
- 160
- Fork
- 69
- Merge medio
- 16h 59m
- PR unite (30g)
- 25
Preparare l'ambiente
- Nessun Dockerfile né file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
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