Avoid R’s 2 GB string limit in read_cmdstan_csv()
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Evaluación
- Dificultad
- 4/5
- Tiempo estimado
- 3-5 días
- Aptitud para principiantes
- 35/100
Línea de trabajo
Comience en read_cmdstan_csv(), en particular en la llamada data.table::fread(cmd=...) mencionada en el error, y reproduzca el fallo con generated quantities que contengan predicciones fuera de muestra. Rastree cómo se leen los diagnósticos del sampler y determine qué mecanismo de gestión compatible o workaround se necesita para las salidas que superen el límite de cadenas de R; se considera terminado cuando el caso indicado ya no falla o existe un workaround documentado.
Escrito por el modelo de indexación a partir del texto del issue.
Descripción
I am running a model with some out of sample predictions in generated quantities.
When I sample from the model without the out of sample predictions, everything is fine and runs as expected.
When I include the predictions, I get the following error:
Error in data.table::fread(cmd = fread_cmd, select = sampler_diagnostics, :
R character strings are limited to 2^31-1 bytes
Am I correct that this suggests a very long string is being generated somewhere? Is it possible to work around?
- Lenguaje dominante
- R
- Estrellas
- 164
- Forks
- 69
- Merge medio
- 1 d 10 h
- PR fusionados (30 d)
- 47
Preparar el entorno
- Sin Dockerfile ni archivo de Docker Compose
- Tiene una plantilla de pull request
- Leer la guía de contribución
Primeros pasos
- Lee el issue completo y luego la guía de contribución del proyecto.
- Comenta en el issue que vas a ocuparte — evita que dos personas hagan lo mismo.
- Haz un fork del repositorio y trabaja en una rama.
- Abre un pull request que haga referencia al número del issue.
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