Hacktoberfest 2026: le issue che i maintainer hanno segnato per ottobre, aperte e adatte ai principianti. Sfoglia le issue Hacktoberfest

During-sampling diagnostics (feature request & design discussion)

Aperta
  • Qualcosa non va?
#425 2 commenti 4 reazioni 0 assegnatari Vedi su GitHub

I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno

Nessuno ha ancora preso questa issue.

Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
25/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Da chiarire
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
r
Ambito
data

Direzione di ricerca

Inizia esaminando la proposta di analisi dei CSV e le discussioni correlate #424 e #423, quindi confronta la ripresa dai CSV con la scrittura di file NetCDF in una cartella stan_scratch. Il lavoro è considerato completato quando un design concordato copre la diagnostica incrementale per treedepth, divergences, ESS e Rhat, inclusi la selezione dei parametri e il monitoraggio tra sessioni.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

feature

I propose to add optional computation of diagnostics during sampling.

To achieve this, I propose to read the csv files to:
(1) track the proportion of treedepth exceeded
(2) track whether any post-warmup divergences were encountered
(3) track the Bulk & Tail ESS of parameters (with option to specify which to include/exclude)
(4) track the Rhat of parameters (with option to specify which to include/exclude)

To enable efficient incremental parsing of the CSV files, I propose keeping track of how many lines have been read so far and skipping that many lines the next time a read is triggered, storing new samples together with prior samples in an object kept in memory.

To enable resuming this monitoring across R sessions, we could either start the csv parsing from scratch, or we could be writing the contents to a faster binary format (I'm thinking NetCDF) from the outset. This latter has the benefit of leaving the Stan output in a much better format than CSV. If we opted for this, I propose storing both the CSVs and NetCDF fils in a stan_scratch folder (n.b. said folder is involved in the proposed implementations of these FRs as well: Background/asynchronous sampling, Recompile only on changes to output of stanc3 auto-formatter )

Lingua principale
R
Stelle
160
Fork
69
Merge medio
16h 59m
PR unite (30g)
25

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

Altre issue di stan-dev/cmdstanr

Tutte le issue di stan-dev/cmdstanr

Issue simili

Altre issue su R

Ricevi le nuove issue nella tua casella

Un breve riepilogo di issue GitHub adatte ai principianti.