During-sampling diagnostics (feature request & design discussion)
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評価
調査の方向性
まず CSV 解析の提案と関連する #424 および #423 の議論を確認し、次に CSV からの再開と stan_scratch フォルダーへの NetCDF ファイルの書き込みを比較します。treedepth、divergences、ESS、Rhat のインクリメンタルな診断を、パラメーター選択とセッション間のモニタリングを含めてカバーする合意済みの設計ができれば完了です。
索引モデルが issue の本文から書いたものです。
説明
I propose to add optional computation of diagnostics during sampling.
To achieve this, I propose to read the csv files to:
(1) track the proportion of treedepth exceeded
(2) track whether any post-warmup divergences were encountered
(3) track the Bulk & Tail ESS of parameters (with option to specify which to include/exclude)
(4) track the Rhat of parameters (with option to specify which to include/exclude)
To enable efficient incremental parsing of the CSV files, I propose keeping track of how many lines have been read so far and skipping that many lines the next time a read is triggered, storing new samples together with prior samples in an object kept in memory.
To enable resuming this monitoring across R sessions, we could either start the csv parsing from scratch, or we could be writing the contents to a faster binary format (I'm thinking NetCDF) from the outset. This latter has the benefit of leaving the Stan output in a much better format than CSV. If we opted for this, I propose storing both the CSVs and NetCDF fils in a stan_scratch folder (n.b. said folder is involved in the proposed implementations of these FRs as well: Background/asynchronous sampling, Recompile only on changes to output of stanc3 auto-formatter )
- 主要言語
- R
- スター
- 164
- フォーク
- 69
- 平均マージ
- 1日 12時間
- マージ済み PR（30日）
- 49
環境構築
- Dockerfile・Docker Compose ファイルなし
- プルリクエストのテンプレートあり
- コントリビューションガイドを読む
はじめの一歩
- issue を最後まで読み、次にプロジェクトのコントリビューションガイドを読みます。
- 着手することを issue にコメントします — 二人が同じ作業をするのを防げます。
- リポジトリをフォークし、ブランチを切って変更します。
- issue 番号を参照したプルリクエストを送ります。
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