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Convention for output of tuples

Aperta
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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
35/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Ferma
Stack tecnologico
numpy, python
Ambito
api, data

Direzione di ricerca

Start with the tuple_out.stan example and the test_tuple_out test shown in the issue, then inspect fit.stan_variable("c") and fit.c behavior. Compare array-of-tuples and tuple-of-arrays layouts, and define the resulting sample indexing convention before updating the relevant tests and documentation.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

In the develop branch, tuples generated by Stan programs are one-dimensional arrays of tuples. This can make it difficult to access elements of tuples. For example, consider the following test.

def test_tuple_out() -> None:
    stan = os.path.join(DATAFILES_PATH, 'tuple_out.stan')
    model = CmdStanModel(stan_file=stan)
    a = np.random.normal(0, 1, (5, 5))
    b = np.random.normal(0, 1, 3)
    fit = model.sample({"a": a, "b": b}, fixed_param=True, chains=1,
                       iter_sampling=20, iter_warmup=1, sig_figs=18)
    np.testing.assert_allclose(a, fit.stan_variable("c")[0][0])
    np.testing.assert_allclose(b, fit.stan_variable("c")[0][1])

// tuple_out.stan
data {
    matrix [5, 5] a;
    vector [3] b;
}

generated quantities {
    tuple(matrix[5, 5], vector[3]) c;
    c.1 = a;
    c.2 = b;
}

Then accessing c.1 samples is only possible through list comprehension (there may be some fancy indexing I'm not familiar with).

>>> fit.c.shape
(20,)
>>> fit.c[:, 0]
IndexError: too many indices for array: array is 1-dimensional, but 2 were indexed

Would it make sense to return a tuple of arrays rather than an array of tuples? This would allow accessing samples more easily, e.g., in the above example we'd get

>>> fit.c[0].shape
(20, 5, 5)

This would however go against the convention that the first index refers to samples.

Lingua principale
Python
Stelle
198
Fork
81
Nessuna PR unita negli ultimi 30g

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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