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Sequence file input validator does not accept gzipped files

Aperta
  • Qualcosa non va?
#77 9 commenti 0 reazioni 1 assegnatario Vedi su GitHub

@smehringer ci sta già lavorando.

Dal 6/7/2020.

Valutazione

Questa issue non è ancora stata valutata.

Descrizione

feature/proposal response needed

When defining an input file with a validator for sequence input files the following way:

parser.add_option(options.queryFile, 'q', "query", "Query sequences.",
seqan3::option_spec::REQUIRED,
seqan3::input_file_validator<seqan3::sequence_file_input<>>{});

it does not accept .gz files but only [embl,fasta,fa,fna,ffn,faa,frn,fastq,fq,genbank,gb,gbk,sam]

Shouldn't this be possible as most sequence input files are actually compressed?

Lingua principale
C++
Stelle
11
Fork
9
Merge medio
8h 34m
PR unite (30g)
5

Preparare l'ambiente

Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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