Sequence file input validator does not accept gzipped files
@smehringer đang làm issue này rồi.
Từ ngày 6/7/2020.
Đánh giá
Issue này chưa được đánh giá.
Mô tả
When defining an input file with a validator for sequence input files the following way:
parser.add_option(options.queryFile, 'q', "query", "Query sequences.",
seqan3::option_spec::REQUIRED,
seqan3::input_file_validator<seqan3::sequence_file_input<>>{});
it does not accept .gz files but only [embl,fasta,fa,fna,ffn,faa,frn,fastq,fq,genbank,gb,gbk,sam]
Shouldn't this be possible as most sequence input files are actually compressed?
- Ngôn ngữ chính
- C++
- Star
- 11
- Fork
- 9
- Merge trung bình
- 15 phút
- Pull request đã merge (30 ngày)
- 2
Chuẩn bị môi trường
- Không có Dockerfile hay tệp Docker Compose
- Không có mẫu pull request
- Đọc hướng dẫn đóng góp
Bắt đầu từ đâu
- Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
- Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
- Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
- Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.
Issue khác của seqan/sharg-parser
-
Follow-up: Auto-Synopsis on macOSCó thể làm lại được @eseiler đã nhận 276 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mởbug
seqan/sharg-parser#303 · 1 người được giao ·
-
[suggestion] Check that `.parse()` is called.Có thể đã có người làm @eseiler đã nhận 1310 ngày trước. Đang mở
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 35/100
seqan/sharg-parser#168 · 7 bình luận ·
-
Độ khó 5/5 Hơn một tuần Mức phù hợp với người mới 25/100
seqan/sharg-parser#165 · 1 bình luận ·
-
Too strict validatorsĐang mở
Độ khó 4/5 3-5 ngày Mức phù hợp với người mới 35/100
seqan/sharg-parser#161 · 3 bình luận ·
-
help text: std types should be renamedCó thể làm lại được @eseiler đã nhận 285 ngày trước và không có pull request nào đang mở. Đang mở
seqan/sharg-parser#153 · 3 bình luận · 1 người được giao ·
Tất cả issue của seqan/sharg-parser
Issue tương tự
-
Status: Needs confirmation Status: Needs triage
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 64/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug-unconfirmed
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 82/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 76/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
A-combat P-low S-ready-to-start task
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 77/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày
-
bug intrinsic medium priority rt_lib
Độ khó 2/5 1-3 giờ Mức phù hợp với người mới 75/100
Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày