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Valutazione

Difficoltà
5/5
Tempo stimato
Più di una settimana
Idoneità per principianti
15/100
Tipo di issue
Funzionalità
Chiarezza
Abbastanza chiara
Stato di attività
Attiva
Stack tecnologico
r
Ambito
data-visualization

Direzione di ricerca

The issue lists seven composition plot types (observed-only distributions, bubble plots, observed-vs-expected distributions, Pearson residuals, sex ratios, mean age or length time series, plus fleet-specific and aggregated variants) but names no stockplotr file, function or test. Start by reading the existing plotting functions in the R package and the r4ss examples linked in the issue, then agree with maintainers on the input data format and which plot to build first. Done means one plot type generates from composition data and has a test.

Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.

Descrizione

See this conversation for more detail https://github.com/NOAA-FIMS/FIMS/pull/1873 from @iantaylor-NOAA

The categories of composition that r4ss creates for SS3 models include

  • Distribution plots of observations only (I think this is the most intuitive way to look at comps)
  • Bubble plots of observations only (Easier to see patterns of cohort strengths across years)
  • Distribution plots of observations and expected values (intuitive way to look at fit)
  • Pearson residuals (more statistically rigorous way to look at fit, easier to see blocks/stripes of misfit among years or bins)
  • Sex ratios implied by the ratio of female / (female + male) observed and expected comps (helps see trends in lack of fit, especially for bins with smaller proportions that have small residuals)
  • Time series of mean age or length in the observed and expected comps (created as diagnostic for Francis weighting method, but very helpful to summarize trends among years)
  • The set include both fleet-specific plots and plots for all fleets aggregated across years.

Examples of the r4ss plots are at

https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/_SS_output_CompDat.html (observations only)
https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/_SS_output_LenComp.html (most of the rest)
https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/[email protected] (residuals and "Andre plots" for conditional age-at-length data)

Lingua principale
R
Stelle
20
Fork
9
Merge medio
1g 5h
PR unite (30g)
12

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Come iniziare

  1. Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
  2. Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
  3. Fai un fork del repository e lavora su un branch.
  4. Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.

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