Hacktoberfest 2026: những issue maintainer đã đánh dấu cho tháng Mười, đang mở và phù hợp người mới. Xem issue Hacktoberfest

Add composition plots for diagnostics etc

Đang mở
  • Có gì không ổn?
#422 0 bình luận 0 reaction 0 người được giao Xem trên GitHub

Maintainer thường phản hồi trong vòng 1 ngày

Chưa có ai nhận issue này.

Đánh giá

Độ khó
5/5
Thời gian dự kiến
Hơn một tuần
Mức phù hợp với người mới
15/100
Loại issue
Tính năng
Độ rõ ràng
Khá rõ ràng
Mức độ hoạt động
Sôi nổi
Công nghệ
r
Lĩnh vực
data-visualization

Hướng nghiên cứu

The issue lists seven composition plot types (observed-only distributions, bubble plots, observed-vs-expected distributions, Pearson residuals, sex ratios, mean age or length time series, plus fleet-specific and aggregated variants) but names no stockplotr file, function or test. Start by reading the existing plotting functions in the R package and the r4ss examples linked in the issue, then agree with maintainers on the input data format and which plot to build first. Done means one plot type generates from composition data and has a test.

Do mô hình lập chỉ mục viết ra từ nội dung của issue.

Mô tả

See this conversation for more detail https://github.com/NOAA-FIMS/FIMS/pull/1873 from @iantaylor-NOAA

The categories of composition that r4ss creates for SS3 models include

  • Distribution plots of observations only (I think this is the most intuitive way to look at comps)
  • Bubble plots of observations only (Easier to see patterns of cohort strengths across years)
  • Distribution plots of observations and expected values (intuitive way to look at fit)
  • Pearson residuals (more statistically rigorous way to look at fit, easier to see blocks/stripes of misfit among years or bins)
  • Sex ratios implied by the ratio of female / (female + male) observed and expected comps (helps see trends in lack of fit, especially for bins with smaller proportions that have small residuals)
  • Time series of mean age or length in the observed and expected comps (created as diagnostic for Francis weighting method, but very helpful to summarize trends among years)
  • The set include both fleet-specific plots and plots for all fleets aggregated across years.

Examples of the r4ss plots are at

https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/_SS_output_CompDat.html (observations only)
https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/_SS_output_LenComp.html (most of the rest)
https://r4ss.github.io/r4ss/BigSkate/[email protected] (residuals and "Andre plots" for conditional age-at-length data)

Ngôn ngữ chính
R
Star
20
Fork
10
Merge trung bình
3 ngày 6 giờ
Pull request đã merge (30 ngày)
17

Chuẩn bị môi trường

Mở trong Codespaces

Khởi chạy dev container của dự án ngay trên trình duyệt, bằng tài khoản GitHub của bạn.

Bắt đầu từ đâu

  1. Đọc hết issue, rồi đọc hướng dẫn đóng góp của dự án.
  2. Bình luận trên issue rằng bạn sẽ nhận — tránh hai người làm cùng một việc.
  3. Fork repository và làm thay đổi trên một nhánh.
  4. Mở pull request có tham chiếu số hiệu của issue.

Issue khác của nmfs-ost/stockplotr

Tất cả issue của nmfs-ost/stockplotr

Issue tương tự

Thêm issue về R

Nhận issue mới trong hộp thư của bạn

Bản tóm tắt ngắn những issue GitHub phù hợp với người mới.