Using strict syntax causes template to raise an error when setting boolean options on CLI
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
Nessuno ha ancora preso questa issue.
Valutazione
- Difficoltà
- 3/5
- Tempo stimato
- 1-2 giorni
- Idoneità per principianti
- 52/100
Direzione di ricerca
Inizia eseguendo l'esempio minimo riproducibile collegato con le versioni elencate di Nextflow e nf-core/tools, confrontando strict syntax abilitata e disabilitata. Traccia il percorso di validazione dello schema del template e dei parametri della CLI; il lavoro è completato quando un booleano dello schema con valore predefinito false può essere fornito tramite la CLI con strict syntax, con un test di regressione che copra questo comportamento.
Scritto dal modello di indicizzazione a partire dal testo della issue.
Descrizione
When using strict syntax to run a pipeline created by the nf-core/tools template, if a boolean option is defined in the schema with default as false and is then supplied on the CLI, the following error is encountered:
ERROR ~ Validation of pipeline parameters failed!
-- Check '.nextflow.log' file for details
The following invalid input values have been detected:
* --my_boolean_option (true): Value is [string] but should be [boolean]
This error only occurs when using Nextflow 25.10.4 with strict syntax enabled or Nextflow 26.02.0-edge (where strict syntax is enabled by default). No error occurs when running via Nextflow 25.10.4 with strict syntax is disabled.
Please see scwatts/nf-core-template-boolean-option-strict-syntax-error for a simple reproducible example.
Also possibly relevant is the nf-core Slack thread
Nextflow version: 25.10.4 / 26.02.0-edge
Hardware: MacBook Pro
Executor: local
OS: macOS
nf-core/tools version: 3.5.2 / dev (56f3910)
Python version: 3.11.4
- Lingua principale
- Python
- Stelle
- 327
- Fork
- 264
- Merge medio
- 3g 11h
- PR unite (30g)
- 12
Preparare l'ambiente
Avvia il container di sviluppo del progetto nel browser, con il tuo account GitHub.
- Include un Dockerfile o un file Docker Compose
- Ha un modello di pull request
- Leggi la guida per i contributori
Come iniziare
- Leggi tutta la issue e poi la guida ai contributi del progetto.
- Commenta sulla issue per dire che te ne occupi tu — evita che due persone facciano lo stesso lavoro.
- Fai un fork del repository e lavora su un branch.
- Apri una pull request che faccia riferimento al numero della issue.
Altre issue di nf-core/tools
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 72/100
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
nf-core/tools#4487 · 4 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 65/100
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
enhancement
Difficoltà 1/5 Meno di un'ora Idoneità per principianti 85/100
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
-
Incorrect if-statement logic in nf-core modules test outputForse già presa Una pull request collegata a questa issue è aperta o già unita. Apertabug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 75/100
nf-core/tools#4327 · 4 commenti ·
I maintainer di solito rispondono entro 2 giorni
Tutte le issue di nf-core/tools
Issue simili
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 77/100
TomerAberbach/profiler-md#733 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
its-me-prash/vwgroup-connect-ha#1858 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
area: client bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 68/100
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
Deleting all alarms or timers shows deleted ones until the next update when there are none leftApertabug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 85/100
leikoilja/ha-google-home#1107 ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno
-
bug
Difficoltà 2/5 1-3 ore Idoneità per principianti 76/100
Graphify-Labs/graphify#4524 · 1 commento ·
I maintainer di solito rispondono entro 1 giorno